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circleplot展示GO富集分析结果

circleplot展示GO富集分析结果

作者: 生信交流平台 | 来源:发表于2022-04-27 20:19 被阅读0次

    小编前面给大家介绍过

    ☞GO简介及GO富集结果解读

    ☞四种GO富集柱形图、气泡图解读

    ☞GO富集分析四种风格展示结果—柱形图,气泡图

    GO和KEGG富集分析视频讲解

    小编前面也用了好几期的内容来给大家介绍。如何使用DAVID做GO富集分析,并且给大家演示了如何使用Excel,零代码展示GO富集分析的结果。

    1.基因富集工具DAVID介绍(一)-基因ID转换
    2.基因富集工具DAVID介绍(四)-GO富集分析及柱形图展示

    3.零代码GO富集分析—柱形图同时展示BP,MF,CC,KEGG

    4.零代码GO富集分析—一张图展示BP,MF,CC

    5.【R】四种风格展示DAVID GO富集分析结果

    6.展示DAVID富集分析结果中感兴趣的GO条目和KEGG通路

    今天小编在给大家介绍另外一种展示GO富集分析结果的图,circleplot

    这种图我们在paper中也经常看到,例如下面这篇2022年新鲜出炉的文章。

    这篇文章中的第一张图就是用circleplot来展示GO富集分析的结果。

    下面我们来展示一下这张图是如何绘制出来的。

    #安装GOplot包
    BiocManager::install("GOplot")
    #加载GOplot包
    library(GOplot)
    
    #加载数据
    data(EC)
    
    #创建一个pdf文件,用来保存circleplot
    pdf(file="GO_circle_plot.pdf",width=12,height=10)
    #创建circ对象,第一个参数为GO富集分析结果,第二个参数为差异表达分析结果
    circ <- circle_dat(EC$david, EC$genelist)
    #绘制circleplot图
    GOCircle(circ)
    dev.off()
    

    打开GO_circle_plot.pdf就可以看到我们绘制的circleplot了

    绘制这张图,我们需要准备两个输入文件。

    1. GO富集分析结果,通过查看EC$david这个变量,我们来看看数据格式

    关于如何做GO富集分析,可以参考下面这些文章

    ☞GO富集分析四种风格展示结果—柱形图,气泡图

    基因富集工具DAVID介绍(四)-GO富集分析及柱形图展示

    2. 差异表达分析结果,通过查看EC$genelist这个变量,我们来看看数据格式

    关于如何做差异表达分析,可以参考下面这些文章

    R代码TCGA差异表达分析

    零代码TCGA差异表达分析

    零代码差异表达分析工具:GEO2R

    GEO芯片数据差异表达分析

    circleplot展示GO富集分析结果

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