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nanopore的一些常见工具

nanopore的一些常见工具

作者: 可能性之兽 | 来源:发表于2022-11-21 22:11 被阅读0次
软件名 功能 官方网址
bioconda bioconda商店 http://bioconda.github.io/
sratoolkit SRA数据管理 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/docs/toolkitsoft
flappie 碱基识别 https://github.com/nanoporetech/flappie
albacore 碱基识别 https://github.com/Albacore/albacore
guppy 碱基识别 nanopore社区
MINKNOW 测序操控软件 nanopore社区
hdfview 查看fast5 https://www.hdfgroup.org/downloads/hdfview/
ont_fast5_api 拆分合并fast5 https://github.com/nanoporetech/ont_fast5_api
pomoxis 综合分析 https://github.com/nanoporetech/pomoxis
minion_qc 质控绘图 https://github.com/roblanf/minion_qc
Filtlong 过滤 https://github.com/rrwick/Filtlong
seqkit 序列处理工具包 https://bioinf.shenwei.me/seqkit/
nanopack 数据质控顾虑包 https://github.com/wdecoster/nanopack
NanoPlot 质控绘图 https://github.com/wdecoster/NanoPlot
Porechop 过滤 https://github.com/rrwick/Porechop
MaSuRCA 拼接 https://github.com/alekseyzimin/masurca
Tulip 拼接 https://github.com/Generade-nl/TULIP
spades 拼接 https://github.com/ablab/spades
canu 拼接 https://github.com/marbl/canu
NextDenovo 拼接 https://github.com/Nextomics/NextDenovo
RaGOO 参考引导 https://github.com/malonge/RaGOO
Unicycler 拼接 https://github.com/rrwick/Unicycler
MECAT 拼接 https://github.com/xiaochuanle/MECAT
NECAT 拼接 https://github.com/xiaochuanle/NECAT
miniasm 拼接 https://github.com/lh3/miniasm
WTDBG2 拼接 https://github.com/ruanjue/wtdbg2
SMARTdenovo 拼接 https://github.com/ruanjue/smartdenovo
RA 拼接 https://github.com/rvaser/ra
gfatools gfa文件处理 https://github.com/lh3/gfatools
medaka 纠错 https://github.com/nanoporetech/medaka
pilon 纠错 https://github.com/broadinstitute/pilon/wiki
racon 纠错 https://github.com/lbcb-sci/racon
NextPolish 纠错 https://github.com/Nextomics/NextPolish
quast 拼接评估 http://bioinf.spbau.ru/quast
busco 拼接评估 https://gitlab.com/ezlab/busco
bwa 短序列比对 https://github.com/lh3/bwa
samtools sam格式处理 https://github.com/lh3/samtools
minimap2 比对 https://github.com/lh3/minimap2
NGMLR 比对 https://github.com/philres/ngmlr
last 比对 http://last.cbrc.jp/
GraphMap 比对 https://github.com/isovic/graphmap
MarginAlign 比对 https://github.com/benedictpaten/marginAlign
MUMMER 全局比对 http://mummer.sourceforge.net/
megan 物种鉴定 http://ab.inf.uni-tuebingen.de/software/megan6/download/
diamond blast比对 https://github.com/bbuchfink/diamond
seqtk 序列处理工具 https://github.com/lh3/seqtk
taxonkit 物种分类鉴定 https://bioinf.shenwei.me/taxonkit/
Centrifuge 物种分类 https://github.com/DaehwanKimLab/centrifuge
Nanopolish 综合分析 https://github.com/nanoporetech/nanopolish
NanoSV 变异检测 https://github.com/mroosmalen/nanosv
Sniffles 变异检测 https://github.com/fritzsedlazeck/Sniffles
NanoVar 变异检测 https://github.com/benoukraflab/NanoVar
tombo 甲基化 https://github.com/nanoporetech/tombo
bcftools vcf格式处理 https://github.com/samtools/bcftools
Truvari 变异检测 https://github.com/spiralgenetics/truvari/
Pinfish 异构体鉴别 https://github.com/nanoporetech/pinfish
pychopper 异构体鉴别 https://github.com/nanoporetech/pychopper
tablet 可视化 https://ics.hutton.ac.uk/tablet/
IGV 可视化 http://software.broadinstitute.org/software/igv/

链接

https://www.jianshu.com/p/fed50080a28f
nanopore 分析流程 - 简书 (jianshu.com)

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