ChIP-Seq

#从ncbi下载数据，GEO-GEO号/SRA-SRA号/SRA-SRP号，找到最终的SRP号，

#在搜索界面send to file:Runinfo,内含https下载链接

#或send to file:accession list,记下每一行值，补全链接为：

#ftp://ftp-trace.ncbi.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR(前三位)/SRR(全名)/SRR(全名).sra

#下载目前使用idm和迅雷下载，prefetch下载太慢，ascp又不能用，后拷贝至分析端

0.环境准备（针对win10 ubuntu子系统）

#linux清密码

#apt换源（清华源）

#sudo apt-get update

#sudo apt-get upgrade

#安装图形界面（不装fastqc老是报错）

#安装中文语言包（随意）

#安装miniconda3，手动激活环境变量，更换源，更换python版本为3.6（3.7版有个东西用不了，啥东西暂时忘了）

#apt装fastqc，bwa，samtools，bamtools，trimmomatic，tree，pandoc，unzip，axel，aria2（zsh，oh-my-zsh）

#conda装sra-tools，multiqc，bowtie2

#手动安装aspera

1. sra转为fastq

fasterq-dump -3 -e 8 -p -o 输出路径 sra文件

#(-e 指定线程数，-3<=>--split-3，-p 唠叨模式)

rename 's/.sra//' 输入文件(去除文件名中的.sra)

2.质检

#将所有的数据进行质控，得到zip的压缩文件和html文件

fastqc -o 输出路径 -t 8 fastq文件1 fastq文件2 ... fastq文件n(-t 指定线程数)

multiqc -t default -o 输出路径 -f 输入路径(-t 输出格式为默认)

3.比对

bowtie2 --local -3 整型-5 整型 -p 6 -x index位置 -U fastq文件 | samtools sort -o 输出的排过序的bam文件路径及名称

# --local表示使用local模式，在这种模式下，Bowtie2不要求整个读取从一端到另一端对齐。相反，为了达到最大可能的对齐分数，可以从末端省略一些字符（“软裁剪”）

#（-p 指定线程数， -U 表示单端测序，-3或-5 表示从3‘端或5端’某个碱基位置开始修剪) 

4.peak calling

macs callpeak -c 对照的bam文件 -t 实验的bam文件 -q 0.05 -f BAM -g mm -n suz12

#(-q FDR值，-f 输入文件格式，-g 基因组类别，-n 输出文件的前缀名)

#narrowPeak结尾的文件可导入进行分析