基因组-GC偏好

GC偏好通常存在于二代测序技术。

1、什么是GC偏好？

测序中的GC偏好指的是基因组上GC含量在50%左右的区域更容易被测到，产生的reads更多，这些区域的覆盖度更高，在高GC或者低GC区域，不容易被测到，产生较少的reads，这些区域的覆盖度更少。

2、GC偏好对测序结果的影响

（1）在检测拷贝数的时候，GC含量低或者高的区域，其覆盖度小于GC含量中等的，但不意味着仅仅根据测序的覆盖度，就认为GC含量中等的拷贝数比高/低GC含量区域的高。
（2）在做RNA测序分析的时候，GC含量高/低的区域reads数少，并不一定说明这个基因的表达量低。
（3）在做基因组拼接的时候，因为GC偏好的存在，高/低GC含量的区域被测的少，这些区域的拼接难度就较大。

3、如何解决？

简单讲算法较正，效果明显
Ref: http://www.zxzyl.com/archives/988