参考文献
http://nce.ads.uga.edu/wiki/lib/exe/fetch.php?media=singlestepblupf90.pdf
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1，ABLUP VS SSGBLUP
传统ABLUP与SSGBLUP的区别在于，原来的A逆矩阵变为了H逆矩阵
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传统的动物模型计算BLUP值
根据系谱计算A矩阵，然后使用Henderson方程组计算BLUP（EBV值）
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SSGBLUP计算BLUP值
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2，BLUPF90怎么进行SSGBLUP分析
- RENUMF90进行命令对数据预处理
- BLUPF90进行SSGBLUP的计算（已知方差组分时）
- AIREMLF90进行SSGBLUP方差组分估算（未知方差组分时）
- PREGSF90进行H逆矩阵的计算
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2.1 renumf90预处理数据
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2.2 blupf90计算H矩阵以及育种值
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2.3 pregsf90计算H矩阵
主要作用:
- 根据基因组数据构建G矩阵
- 根据系谱构建A矩阵
- 根据公式构建H逆矩阵
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3, 构建H矩阵的参数设置
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4, 基因组数据的筛选
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5, 亲子鉴定的作用
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6, G矩阵结果数据挖掘
6.1 检测异常个体
G矩阵中,某些个体对角线有较高的值, 有可能这个个体不是群体内的个体, 可能来源其它群体或者家系, 或者call rate值较低.
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6.2 检测重复样本
如果某两个个体的亲缘关系大于0.9, 则表明这两个个体可能是重复样本
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6.3 G矩阵和A22矩阵的关系
G矩阵和A22矩阵是相同个体构建的G矩阵和A矩阵, 他们应该是由很高的相似性. 如果对角线和非对角线相似度较低, 表明是有一些问题的. 需要引起重视, 可能是测序个体ID错误, 可能是数据量较少等等
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6.4 根据基因组数据进行PCA分析
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7, 构建A22矩阵时的高效方法
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可以看出, 构建A22矩阵时, 使用57000系谱数据, 6500测序个体, Tabular用了311s, 内存占用12G, 而Colleau method用了45s, 内存占用322Mb. 使用Colleau方法更合适
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8, 使用BLUPF90构建H逆矩阵输出
如果想要使用DMU, ASREML或者WOMBAT利用blupf90构建好的H逆矩阵, 需要输出Original ID的形式. 然后转化为DMU和ASREML的格式即可.
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