六. 基因表达相关性分析与作图（R语言“corrplot”包）

一. 简介

corrplot包是一个画相关系数图的包，可以用来对基因的表达数据进行分析，分析不同基因间表达的相关性。

二. 实例

1. 数据格式

image.png

2. R代码

install.packages("corrplot")#安装包
library("corrplot")#加载包
za<-read.csv("E:/R/12345.csv",header = T,row.names = 1)#读取文件
zb <- as.matrix(za)#转化为矩阵
zb
qc <- cor(zb)#求相关系数
qc
col3 <- colorRampPalette(c("blue", "white","red"))#设置颜色，颜色的方向根据位置顺序调整
corrplot(qc, order = "hclust", addrect = 2, col = col3(20))
corrplot(qc, type = "lower", tl.pos = "tp",tl.cex=.7,col = col3(20),tl.col = "black")
corrplot(qc, add = TRUE, type = "upper", method = "number",
col = col3(20), diag = FALSE, tl.pos = "n", cl.pos = "n", number.cex = 0.3)#画图， number.cex =0.3调整相关系数字体大小

3. 图片输出

123aa.png