2021.7月

作者: 医只蜗牛 | 来源:发表于2021-07-23 20:53 被阅读0次

    生信相关:

    GTF是基因的转录本信息文件,是做RNAseq中必须使用到的文件格式,而NCBI只提供GFF格式文件,因此,做RNAseq需要到Ensembl下载对应的数据。
    如何下载生物数据(一):生物数据检索

    lncRNA的一些基础知识 #LncRNA从入门到精通【这是lncRNA专题】
    数据挖掘专题 | TCGA-lncRNA数据整理全攻略【里面有关于lncRNA介绍】
    GTF文件有什么用啊?别的不谈,最起码能提lncRNA 【比较详细】
    一文学会WGCNA分析 【为了保证后续脚本的统一性,表达矩阵统一用datExpr标识,临床 信息统一用datTraits标识】
    WGCNA分析,简单全面的最新教程

    WGCNA包的blockwiseModules函数debug

    WGCNA debug:已解决。

    TCGA 生存分析。提取phenotype里面的信息。
    R基于TCGA数据画生存曲线


    生存分析相关

    数据挖掘专题 | TCGA临床数据下载 【与表达数据一样,TCGABiolinks也提供了临床数据的整理功能,得到类似矩阵格式的数据,但是需要注意的是,临床数据所能得到的并不是一个矩阵,而是5个】【举个例子,下面这个患者,其在 clinical.patient 和 clinical.patient.followup 中的信息如下:】【TCGABiolinks 为了保证患者临床信息的全面,将数据存储于多个矩阵实际上是合理的,而且临床信息比Xena的更全面更新!只不过可能需要根据实际需求在此基础上进行进一步的整理!】
    数据挖掘专题 | UCSC Xena下载 TCGA 数据【总结一下:优点:Xena操作简单,下载方便,可以下载到较新的TCGA数据;
    缺点:无法下载到read count值;】






    相关文章

      网友评论

          本文标题:2021.7月

          本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/tcprmltx.html