儒家思想在我国主流文化中长期占据主导地位，其宗教观也成为历代政府制定宗教政策的基础。儒家重视传统宗教礼仪的社会教化作用，这使得中国古代的民族宗教管理具有以下几个特点：
一是对宗教信仰宽容礼敬
儒家思想主张“君子和而不同”。历朝政府都是用“和而不同”、“殊途同归”的思维方式对待各种域外的宗教和文化，形成了中国人特有的宗教宽容精神。历史证明，凡是对少数民族宗教信仰宽容礼敬的朝代，就会出现民族和睦、政治统一强盛的局面。两汉、隋唐和清朝前期，是中国封建社会的盛世，其民族宗教政策都比较宽容，起到了促进民族团结、维护社会稳定的作用。
二是对宗教组织严格管理
古代统治者大多奉行推崇宗教的政策，但他们对宗教的负面作用也保持警觉，时刻注意加强对宗教组织的管理，防止宗教组织对社会稳定造成威胁。
自魏晋南北朝佛教势力逐渐扩大后，政府开始设立僧官制度，强化对僧尼队伍的管理，逐渐形成了以政府俗官管理寺额、度牒、大寺僧官诠选，僧官自行管理寺内僧尼试经、梵修、财务、戒律等具体宗教事务的双轨制格局。一方面，政府通过礼部祠祀司、鸿胪寺、功德使等机构，牢牢地控制着佛教发展的关键环节，使宗教事务置于政府的严密监控之下；另一方面，政府又实行以僧管僧。参照管理佛教的经验，政府先后又建立了道教、基督教、伊斯兰教的管理机构。如元代，设集贤院管理道教事务；设崇福司管理基督教事务；设回回哈的司管理伊斯兰教事务。
元、清两代还专门设立了管理少数民族宗教事务的机构，在元代称为宣政院，在清代称为理藩院。宣政院不仅管理土番全部的宗教事务，而且下设3个都元帅府，掌管在西藏的驻军。若遇土番之地有重大军事行动，宣政院又可“会枢密院议之”，直接参与机要。清代的理藩院，“掌外藩蒙古、喇嘛、回部、金川事”。通过这些机构的设置和管理，政府将民族地区的宗教事务牢牢地控制在手中。
三是对宗教活动合理控制
对于少数民族宗教组织和活动有一个基本原则就是必须维护祖国统一，服从中央指挥。藏传佛教是印度密教与西藏民间宗教——苯教相结合的产物，其中许多修习仪轨是汉地佛教所没有的，如以男女双修为基础的“无上瑜伽”，在汉族地区是严格禁止的。唐朝开元年间，密教“三大士”曾把密教的修习方式引入汉地，但是因与汉族的宗法家族伦理相抵触，发展非常缓慢。宋初还有密教经典译出，但政府在译经场设立“译经使”，由儒家官员担任，严格审查译出的经文。不过对于西藏高僧的密教修行，政府从来不加干预。元、明、清及民国，藏传佛教高僧到内地进行宗教活动，政府都给予极高的礼遇。但严格限制中原居民信仰其教。
四是多元一体格局的粘合剂
在中国古代政治家眼中，不论是儒教、佛教、道教、伊斯兰教……只要服从政府管理，都可以成为宣扬教化、抚纳异族、促进民族自然同化的工具。
在魏晋南北朝时期，北朝的少数民族统治者通过对汉族传统的宗法性宗教的认同，表明自己并不自外于中国，是中华文化的当然继承者；而南朝的汉族统治者，则通过对少数民族宗教表示礼敬，证明自己有统领四方、兼容四海的权力，儒释道成为民族大融合的心理基石。
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