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关于annovar运行报错

关于annovar运行报错

作者: 章鱼小竹 | 来源:发表于2018-12-22 11:07 被阅读0次

    我下载了annovar之后,想利用convert2annovar.pl 将vcf文件转化。用的命令是:convert2annovar.pl test.vcf>test avinput,结果报错,显示convert2annovar.pl 未找到命令。电脑里面有perl,我又使用命令:perl convert2annovar.pl test.vcf>test avinput ,还是报错,Error: invalid record in VCF file: the GT specifier is not present in the FORMAT string: <CP000100.1 4409 . A C 25 PASS DP=9;VDB=0.0784;RPB=0.315969;AF1=0.5;AC1=1;DP4=4,3,1,1;MQ=60;FQ=28;PV4=1,1,1,0.39 PL 55,0,198>

    请问有人知道这是怎么回事吗?万分感谢

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