annovar 注释

mkdir annovar

cd annovar

#正确的文件目录：

#/home/vip2/7E5241.chr1_2_raw.vcf

#/home/qmcui/software/ANNOVAR/annovar/convert2annovar.pl

mkdir annovar && cd annovar

sample="7E5241"

/home/qmcui/software/ANNOVAR/annovar/convert2annovar.pl -format vcf4old /home/vip2/7E5241.chr1_2_raw.vcf >${sample}.annovar

第一小步先创建好annovar文件

sample="7E5241"

/home/qmcui/software/ANNOVAR/annovar/annotate_variation.pl -buildver hg38 --outfile ${sample}.anno 7E5241.annovar /home/qmcui/software/ANNOVAR/annovar/humandb

？？？之后怎样进行注释怎样查看注释结果就不会了？？？

IGV可视化

bam建立索引

ls *fixed.bam|xargs -i samtools index {}

？？？后面IGV可视化就听不懂了？？？

找变异

生成gvcf文件

**这步很慢很慢，一定记得挂后台，为了等它已经耽误太多事儿了**

**nohup 命令 & 这样就挂后台了**

cat > sample.ID

7E5239

7E5240

7E5241

*把这三个数存到sample.ID中，做循环用*

ref="/home/qmcui/database/reference/index/hisat/hg38/hg38.fa"

snp="/home/qmcui/dbsnp_146.hg38.vcf.gz"

cat sample.ID | while read sample;do

gatk --java-options "-Xmx20G -Djava.io.tmpdir=./" HaplotypeCaller -ERC GVCF -R $ref -I /home/qmcui/bqsr.bam/${sample}_bqsr.bam --dbsnp $snp -O ${sample}_raw.gvcf 1>${sample}.gvcf.log;done

经过漫长的等待会生成：7E5239_bqsr.bam_raw.gvcf 7E5240_bqsr.bam_raw.gvcf 7E5241_bqsr.bam_raw.gvcf

**并没有报错，但是一个半小时后生成的log日志总是0k？？？怎么回事？？？

合并gvcf，生成按染色体来找变异

seq 22 | while read id;do echo chr${id};done > bed.txt

#把chr1一直到chr22存放在bed.txt文件中（不会用for循环那就用while吧）

cat >> bed.txt

chrM

chrX

chrY

#这个命令可以往bed.txt文件中添加内容，我们把chrM、chrX、chrY添加到文件中

ref="/home/qmcui/database/reference/index/hisat/hg38/hg38.fa"

snp="/home/qmcui/dbsnp_146.hg38.vcf.gz"

cat bed.txt | while read bed; do gatk --java-options "-Xmx20G -Djava.io.tmpdir=./" -L $bed -R $ref -V 7E5239_bqsr.bam_raw.gvcf -V 7E5240_bqsr.bam_raw.gvcf -V 7E5241_bqsr.bam_raw.gvcf --genomicsdb-workspace-path gvcfs_${bed}.db

gatk --java-options "-Xmx20G -Djava.io.tmpdir=./" GenotypeGVCFs \ -R $ref -V gendb://gvcfs_${bed}.db --dbsnp $snp -O final_${bed}.vcf;done