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本文属于单肿瘤分型思路，类似的分型文章我们也解读过很多。
肿瘤分型文章比较重要的结论就是分型后构建的评分能够预测免疫治疗或者其他治疗的疗效。可以用于分型的基因集很多，比如焦亡，铁死亡，自噬，铜死亡，m7G，细胞衰老等等。
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研究概述：
卵巢透明细胞癌(OCCC)是上皮性卵巢癌的一种组织学亚型，具有独特的临床和生物学特征。OCCC的疾病侵袭性和化疗耐药性是当前面临的严峻挑战。目前尚无有效靶向治疗OCCC的方法。本研究对中国OCCC患者队列进行了基因组学和转录组学分析,探索可能的预后生物标志物和不同的亚型，并结合免疫基因表达特征，开发免疫分类器和免疫治疗的候选生物标志物，这有助于OCCC的个性化治疗。
研究结果：
一、患者特征：50例患者纳入标准及分期等情况（表1）
二、通过对OCCC的转录组学分析，确定了两种亚型
1、对患者数据进行免疫通路相关层次聚类确定了两个不同亚型，亚型1（免疫组）的15个免疫相关通路的表达量显著高于亚型2（非免疫组）（图1a-b）。
2、免疫组患者的复发率更高，生存率更短。Kaplan-Meier曲线显示，免疫亚型患者在两个人群队列中往往有更差的OS。(图1c-e).
三、两个亚群显示出不同的免疫图谱和信号通路
利用转录组数据及xCell算法发现，免疫组的免疫细胞水平显著升高，CD4、细胞毒性T淋巴细胞(CTL)等免疫相关基因在免疫簇中显著上调，GSEA图显示了与非免疫亚型相比，免疫亚型中PD-1信号通路的富集，Hallmark基因集显示两种亚型表现出明显不同的富集模式（图2a-d）。
四、两种免疫亚型中OCCC和显著突变基因的基因组景观
1、图3a显示了队列中基因改变的分布情况，与以往的研究一致，最常见的突变基因是ARID1A和PIK3CA。
2、OCCC中的肿瘤突变负担(TMB)较低，两个亚组之间无显著性差异(图3b)。免疫亚型患者有更高的PIK3CA突变率，并且PI3K-AKT通路确实在免疫亚型中富集(图3c)。
五、OCCC患者预后免疫特征的构建和验证
1、尝试基于该队列构建OCCC患者的预后免疫特征。首先，对免疫组和非免疫组进行差异表达分析。通过LassoCox回归分析，共有15个基因保持个体系数，并导致免疫评分差异，免疫评分和FIGO分期被证明是影响总生存率的独立预后因素(图4a-c)。此外，研究表明免疫评分甚至比分期更稳健（图4d-e）。
2、基于TCGA数据，免疫分类也是肾透明细胞癌的独立预后因素(图4f)。然而，该分类不能用于卵巢癌的其他组织学亚型，包括浆液性和子宫内膜样组织学(图4g、h、i)。
研究总结：
本研究通过整合基因组和转录组分析，描述了两种不同功能和预后的OCCC分子亚型。该免疫亚群在PD-1和PI3K-AKT-mTOR信号通路中富集。基于研究数据，构建了一个稳健的OCCC患者的预后免疫特征，并在公共存储数据集中验证其具有可重复性。免疫/非免疫分类对靶点治疗的预测作用具有重要的优点，这将为OCCC的个性化治疗提供新的理论依据。
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