使用NLR-Annotator工具鉴定NBS-LRR位点

从NLR-Annotator-2 github NLR-Annotator-2的运行需要的文件，分别是store.txt,mot.txt,和NLR-Annotator-v2.1b.jar
需要java jdk1.6及以上

java -Xmx8G -jar ~/soft/NLR-Annotator/NLR-Annotator-v2.1b.jar -i nense.genome.chr.fa -x ~/soft/NLR-Annotator/mot.txt -y ~/soft/NLR-Annotator/store.txt -o nense.txt -t 24

参数说明：
-i 是基因组文件
mot.txt 这是作者提供的文件
store.txt 这是作者提供的文件
-o 输出文件名
-t 使用的cpu数量，默认是1个
前面的-Xmx8G指定程序最大使用的内存为8G

输出结果是nense.txt
cut -f3 nense.txt|sort|uniq -c 查看结果的分类

     30 CC-NBARC
    313 CC-NBARC-LRR
    140 NBARC
    361 NBARC-LRR
     19 TIR
      1 TIR-CC-NBARC
      2 TIR-LRR
     25 TIR-NBARC
    149 TIR-NBARC-LRR

根据NLR-Annotator论文，其中完整的NLR基因是由三部分组成的，所以TIR-NBARC-LRR或CC-NBARC-LRR的结构的是完整NLR基因。

Steuernagel B, Witek K, Krattinger SG, Ramirez-Gonzalez RH, Schoonbeek HJ, Yu G, Baggs E, Witek AI, Yadav I, Krasileva KV, Jones JDG, Uauy C, Keller B, Ridout CJ, Wulff BBH. The NLR-Annotator Tool Enables Annotation of the Intracellular Immune Receptor Repertoire. Plant Physiol. 2020 Jun;183(2):468-482. doi: 10.1104/pp.19.01273IF: 7.4 Q1 . Epub 2020 Mar 17. PMID: 32184345; PMCID: PMC7271791.

根据下面这篇十字花科NLR基因鉴定的对比分析，作者的比较了NLR-Annotator和RGAugury之间的区别，发现RGAugury预测的NLR基因受到基因组组装方式的影响比较大，有时候会鉴定的NLR基因比较少。
Soodeh Tirnaz, Philipp E. Bayer, Fabian Inturrisi, Fangning Zhang, Hua Yang, Aria Dolatabadian, Ting X. Neik, Anita Severn-Ellis, Dhwani A. Patel, Muhammad I. Ibrahim, Aneeta Pradhan, David Edwards, Jacqueline Batley, Resistance Gene Analogs in the Brassicaceae: Identification, Characterization, Distribution, and Evolution , Plant Physiology, Volume 184, Issue 2, October 2020, Pages 909–922, https://doi.org/10.1104/pp.20.00835