前面我们知道了Autodock4和Autodock Vina的区别，并详细演示了如何用Autodock Vina进行分子对接并PyMOL可视化。
今天开始Autodock4的对接。
前面的步骤和Autodock Vina一样，第四部分开始有区别，所以我们从第四部分开始
前面3部分和分子对接2：Autodock Vina进行分子对接得到对接结果一样

4 Autodock4对接操作与对接结果解读

Grid-macromolecule-open-蛋白的pdbqt文件-打开-yes
导入小分子
Grid-set map types-open ligands-小分子pdbqt

image.png

4.1 设置对接box

Grid-grid box

image.png

通过拖曳，让盒子全部覆盖住受体
然后哪个角度都看不到盒子外的蛋白，就可以了
包裹住后，要把盒子里的小分子拖曳出来，步骤如下

image.png
再重新把刚才的勾回去mouse那个框 image.png

File-close savingcurrent

接下来，一定保证这两个文件在工作目录下

image.png

4.2GRID输出gpf文件和glg文件

grid-output-save GPF，

注意.gpf后缀要自己加上

然后run-run autogrid,会自动填充gpf文件，launch，会发现文件夹下多了很多文件
包括glg文件

4.3 运行AutoGrid得到glg文件

Run-Run AutoGrid
出现的界面中如果log filename是空的，那就browse刚刚生成的gpf文件（parameter filename）
然后launch，等待1分钟左右弹窗消失
文件夹出现glg，map等文件

4.3run docking得到dpf和dlg文件

选择大分子：Docking-Macromolecule-Set Rigid Filename-大分子.pdbqt

选择小分子Docking-Ligand-Choose-小分子.pdbqt-Select Ligand-Accept
这里如果没出现弹窗让选择，那就不要choose先open，再choose就可以了。
接下来
Docking-Search Parameters-Genetic Algorithm
弹窗设置Number of GA Runs运行次数，越多越好，但费时间，比如可以选择20,50等。
Docking-Docking Parameters-Accept
Docking-Output-Lamarckian GA
保存为name.dpf，记得后缀dpf要自己输入

4.4 运行Autodock4

Run-Run AutoDock，选择刚刚生成的dpf文件，Launch，此步运行时间较久，大概一个小时左右。
运行结束后，弹窗消失，工作文件夹生成一个dlg文件

4.5结果查看并写出复合体便于PyMOL查看

Analyze-Dockings-Open-选择生成的dlg文件，出现的弹窗一律YES

image.png

查看对接结合能：Analyze-Conformations-Load

image.png
对接能最高的是-4.13，一般
Analyze-Conformations-play,ranked by energy
image.png

写出的complex直接PyMOL可视化即可
详细见分子对接1：PyMOL进行可视化