泛基因组Psvcp测试

workflow

环境

##Assemblytics
git clone https://github.com/MariaNattestad/Assemblytics.git

###需要Assemblytics_uniq_anchor.py
ln -s /public/home/fengting/work/6.25111/Assemblytics/scripts/* ~/miniconda3/bin

chmod 754 

测试

1构建泛基因组

python /public/home/fengting/demo/psvcp/test/psvcp_v1.01-main/1Genome_construct_Pangenome.py -t 12 /public/home/fengting/demo/psvcp/test/psvcp_v1.01-main/example7/genome_gff_dir_example /public/home/fengting/demo/psvcp/test/psvcp_v1.01-main/example7/genome_list

###把主程序（.sh）numcer 中的-t 32 参数去掉

泛基因组构建结果

2 reads比对到泛基因组

python ~/demo/psvcp/test/psvcp_v1.01-main/Construct_pan_and_Call_sv.py example7/genome_gff_dir_example/ example7/genome_list -fqd example7/fq_dir_example/ -o pop
## -o 具体参数暂时不知 

运行中 depth统计 sv结果图 cluster 参考基因组插入区域 聚类