当我们使用的程序输入与输出的是多个文件，无法使用管道命令。生物信息学的程序中这种情况实际是比较常见的，假如说程序program需要2个输入与2个输出，那么其会产生4个中间结果。我们知道磁盘读写是非常耗费时间的操作，如果这个程序是在pipeline的中间出现，可能会成为整个pipeline速度的瓶颈。
这里介绍两种方法解决这个问题：
1. 使用命名的管道
我们可以使用mkfifo(make first in first out)命令来创建一个命名的管道：
$ mkfifo fqin
它的存在形式很像是一个文件，可以通过ls查看，发现前缀为p（代表其实际是一个管道）：
$ ls -l fqin
prw-r--r-- 1 way way 0 Jul 5 18:56 fqin
可以将内容重定向到此管道(结尾的&保证我们还能使用控制台)：
$ echo "This is a test" > fqin &
[1] 38
我们可以使用cat读取内容：
$ cat infq
hello
[1]+ Done echo "hello" > infq
到这里为止你可能会存在疑惑，这不就是一个正常文件么？看起来确实如此，不过它厉害的地方在于它不会向磁盘写入内容，并且它被读取一次之后内容便为空。现在再打印infq文件已经没有东西了：
$ cat infq
用完之后可以删除管道：
$ rm infq
2. 进程替换
创建命名管道的方式有些繁琐，更为快捷的方式是进行进程替换。通过一个简单的例子来说明：
$ cat <(echo "hello, process substitution")
hello, process substitution
原理如下图所示：
图1
实际上<(...)也是生成一个匿名的管道文件作为输入，作为输出采用类似的形式>(...)。
这样的话我们先前提到的program需要2个输入与2个输出可以采用如下的方式（假如mkinput作为创建输入文件的命令）:
program -in1 <(mkinput in1.fa) -in2 <(mkinput in2.fa) -out1 >(gzip > out1.gz) -out2 >(gzip > out2.gz)
这里的两个结果传入gzip命令压缩并重定向保存结果，也可以传入其它的命令处理。
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