有机棉农面临着劳动力问题，他们必须要雇用工人手动或机械除草。有机棉花农业的杂草控制时间窗口只有两三天，而使用除草剂的传统棉花农业有三周的时间窗口。工人可能还要在田间检查，遇到害虫要使用有机杀虫剂或益虫来对付。不使用落叶剂，就不能人为地决定冰冻到来的时间，那么收获季节需要多少劳动力也就很难预测了。
对于许多贫穷的国家来说，日益增长的有机棉需求似乎是天赐良机，因为连美国的有机棉农业都需要相当密集的劳动力，所以这些国家充足而廉价的劳动力就是他们发展有机棉的优势。更重要的是，这些国家的农场本来就是纯天然的，如一位作家所写，这些土地“因为太贫穷而没有受到污染”。这些真正的有机农民从来不用化学杀虫剂，因为他们买不起，他们也不用落叶剂，因为棉花一直是手工采摘。
然而，同样讽刺的是，非洲可能与这个机遇无缘。虽然一些公平贸易计划已经在非洲成功实现有机棉的生产，世界有机棉的主要来源却是土耳其。有机认证标准是由欧洲和美国制定的，大多数非洲有机棉农难以满足发达国家对于有机农业的要求。棉农负担不起认证费用，也没有经济实力去满足复杂的有机认证要求，而且认证申请表格的内容，连美国得克萨斯州的有机棉农都觉得吓人，更何况是让非洲棉农来填写了。
劳动力问题、认证表格申请也许是阻碍有机棉扩大市场份额的两大因素。
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