Seurat: slot

• 1. @assays$RNA@counts: UMI matrix, 系数矩阵

• 2. @assays$RNA@data:

• 未进行 normalize 和 scale: UMI matrix

• 进行了 normalize 但未进行 scale: normalized UMI matrix

• 进行了 normalize 和 scale: normalized UMI matrix

• 用于寻找高变基因：FindAllMarkers()；用的是 normalize 后的数据

• 3. @assays$RNA@scale.data: Normalized 再进行 scale 的结果；或者再进行过回归校正后的结果

• 作用：用于 PCA 分析

• 4. @assays$RNA@meta.features: 基因 (feature) 的统计信息

• 此信息基于 normalized UMI matrix 数据进行计算

各列的含义：

• 1. vst.mean: 每个基因的 mean
• 2. vst.variance: 每个基因的 variance (方差)
• 3. vst.variance.expected: 根据vst.mean和vst.variance的回归曲线预测的单基因variance (方差)
• 4. vst.variance.standardized: 根据vst.mean和vst.variance.expected标准化后的单基因variance

处理步骤：

• 1. Fits a line to the relationship of log(variance) and log(mean) using local polynomial regression (loess)
• 2. Standardizes the feature values using the observed mean and expected variance (given by the fitted line)
• 3. Feature variance is then calculated on the standardized values after clipping to a maximum (see clip.max parameter)