总的来说，隆庆到万历内阁成员不仅在政见上有分歧，而且在学术思想上也有严重的分门对户。这导致隆庆到万历内阁在人事变迁及权力转移上变化飞快。
首先，这时期第一位内阁首辅徐阶，入仕于嘉靖朝，善于谋略，精于政治斗争，成功扳倒严嵩。其权势在隆庆初达到顶峰，于是他对明朝的政治机器进行了修补，包括吏治，财政等，尤其是废除嘉靖时期的道教的政治地位，但他的措施总体来说是修补不是改革，他满足于补漏除弊。另两位首辅，李春芳和赵贞吉也属于徐阶的补漏思想，我们管他们叫补旧派。
而著名的高拱，张居正两位首辅，则恰恰相反，他们主张革旧布新，也就是改革。高拱在《陈八弊疏》，张居正在《陈六事疏》中，明确表达了自己变则通，通则兴的观点，后来他们也分别在隆庆新政和万历改革中践行了自己的观点。我们管他们叫改革派。
学术思想上说，守旧派多是当时盛行的心学传人，也就是儒家思想的坚定传承者。徐阶是王守仁的再传弟子，以政治权力，主持讲学；李春芳自称终身信奉“致良知”；赵贞吉任国子监司业时，即以《阳明全书》作为课本。以上来看，守旧派当政期间，以其权力，扩大心学影响，扩大讲学活动。
另一方面，改革派则是外儒内法的政治家。高拱提出“天理不外于人心，只人心评处便是天理至公”，主张“法以时迁”；张居正尊崇实学，倡导变法，提出变法无须受到“圣贤”和“祖宗成法”的束缚，以上来看，他们是典型的务实改革政治家。
从以上总结来看这主要是由于不同的历史阶段，不同的人生经历，思想文化背景，性格，政治取向。
基于政见与思想的不同，此时期的内阁形成严重的分化，直到张居正与冯保，李太后的政治铁三角形成，才正式确立了改革派的优势地位。于是明朝最后一次回光返照般的改革才得以实现。
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