图片复现：ggraph互作网络图

来复现一幅基因互作网络图，这种图一般使用cytoscape可以完成。这里我们使用ggraph简单复现一下。

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（图片来源：https://sourceforge.net/projects/rarevator/）数据准备：需要两个文件，一个是互作结果，就是基因之间的关系。还有一个文件是基因的分组信息等等，两个文件合并构建ggraph结构文件。

setwd("D:/KS项目/公众号文章/互作网络图")
gene_info <- read.csv("gene_group.csv", header = T)
interaction <- read.csv("string_interactions.csv", header = T)
library(igraph)
library(ggraph)
library(tidyverse)
library(tidygraph)

graph <- as_tbl_graph(interaction) %>% 
  mutate(interaction = centrality_degree(mode='out'),
         group=gene_info$group)

作图很简单，标记分组，并将节点大小用互作数目表示。

ggraph(graph, layout = 'kk') + 
  geom_edge_fan(color='grey60',
                show.legend=T) + 
  geom_node_point(aes(size = interaction,
                      fill=factor(group)),
                  shape=21)+ 
  geom_node_text(aes(filter= interaction>5,
                     label=name),
                 size=2.5,
                 repel = T)+
  theme_graph()

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连线粗细也可以用互作强度来表示：

ggraph(graph, layout = 'kk') + 
  geom_edge_fan(color='grey60',
                show.legend=T,
                aes(edge_width=automated_textmining)) + 
  geom_node_point(aes(size = interaction,
                      fill=factor(group)),
                  shape=21)+ 
  geom_node_text(aes(filter= interaction>5,
                     label=name),
                 size=2.5,
                 repel = T)+
  scale_edge_width(range=c(0,1))

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这样就完成了，其他更多的分组及设置可参照上面添加，当然了，ggraph还有很多的布局展示，包括我们之前说过的circle，感兴趣可自行探索！
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