接上次

12 vsearch #16sRNA数据分析

https://github.com/torognes/vsearch/  #网址
wget https://github.com/torognes/vsearch/releases/download/v2.15.0/vsearch-2.15.0-linux-x86_64.tar.gz
tar -zxvf vsearch-2.15.0-linux-x86_64.tar.gz/
ln -s ~/biosoft/vsearch-2.15.0-linux-x86_64/bin/vsearch ~/bin

13 mothur

https://github.com/mothur/mothur/releases/download/v.1.44.1/Mothur.linux.zip  #直接下载，
unzip Mothur.linux.zip -d ~/biosoft/
ln -s ~/biosoft/mothur/mothur ~/bin/

14 muscle

http://www.drive5.com/muscle/downloads3.8.31/muscle3.8.31_i86linux64.tar.gz  #直接下载
tar -zxvf muscle3.8.31_i86linux64.tar.gz -C ~/bin

15 gatk4

https://github.com/broadinstitute/gatk/releases/download/4.1.8.0/gatk-4.1.8.0.zip  #直接下载，用xftp传至服务器
unzip gatk-4.1.8.0.zip -d ~/biosoft/
ln -s ~/biosoft/gatk-4.1.8.0/gatk ~/bin/

16 安装guppy，需要官网购买仪器注册用户下载

wget https://mirror.oxfordnanoportal.com/software/analysis/ont-guppy-cpu_5.0.11_linux64.tar.gz  #服务器输入上述命令
tar -zxvf ont-guppy-cpu_5.0.11_linux64.tar.gz
ln -s /home/fengxinkang/biosoft/ont-guppy-cpu/bin/autoconfigure_guppy_server.py ~/bin/

17 安装centrifuge

centrifuge是一种非常快速且记忆效率高的系统，用于对微生物样本的 DNA 序列进行分类，与其他领先系统相比具有更高的灵敏度和可比的准确性。

wget ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphilo/centrifuge/downloads/centrifuge-1.0.3-beta-Linux_x86_64.zip
unzip centrifuge-1.0.3-beta-Linux_x86_64.zip 
ln -s /home/fengxinkang/biosoft/centrifuge-1.0.3-beta/centrifuge ~/bin/

你学废了吗？