学习小组Day3笔记--Xiaofan1991

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Linux安装软件

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一、先检查有没有bzip2

bzip2是linux系统下的压缩工具，方便我们安装后续的相关软件，一般的云服务器都有，比如我使用的腾讯云就自带了bzip2。如果没有的话，输入以下：

yum install -y bzip2

二、Conda工具

1.安装miniconda

• 找到官方下载地址，找到64位linux版，复制sh文件的下载链接
• 使用wget工具下载（wget支持http、https、FTP三种TCP/IP协议的下载方式）
• 使用bash安装sh脚本文件（bash的全称是 bourne again shell）

wget

bash

1.激活miniconda

source ~/.bashrc

三、添加国内镜像

conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes

也可以添加清华大学镜像

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

配置镜像要注意不仅要配置free还要配置main，因为main的更全更新

四、Conda的使用

使用conda list检查安装的软件

conda list

使用conda install安装软件

conda install

五、Conda的环境

conda的环境管理主要是满足不同的科研需要

conda info --envs 查看安装的环境

既然能安装，那也能删除：

conda remove -n name --all

同时安装环境和软件

conda create -n name python=3 fastqc trimmomatic -y

六、思维导图

linux软件安装.png