双坐标轴其实实用性并不大，而且也有文献指出了他的可读性不强，但是由于小伙伴的需求Poesie还是去研究了关于R 绘制双坐标轴的内容，一下是Poesie关于R 绘制双坐标轴的小小总结，主要是基于R包plotrix中twoord.plot函数!

前期准备

#主要的R包
library(plotrix)
#字体设置为一般投稿要求
windowsFonts(myFont = windowsFont("Times New Roman"))
#读入文件(R包"readxl")
AA=readxl::read_xlsx("Biological process.xlsx")

AA$N=1:10
AA$N=as.numeric(AA$N)

图片

#输出文件tiff
tiff(
  filename = "Biological process3.tiff",#文件名
  type = "cairo", # 抗锯齿
  res = 300, # 300ppi 分辨率
  width = 3000, height = 4500,#图片长宽
  bg = "transparent" ,# 透明背景,
  )

#x轴坐标标签旋转
par(las=2)
#画图
twoord.plot(  lx = AA$N, ly = AA$Count, rx = AA$N, ry = AA$PValue,
              rcol = "red",lcol = "green",
              main = 'Biological process',
              xlab = 'Term',ylab = 'Count', rylab = 'PValue',
              xticklab=AA$Term,
              halfwidth=0.2,
              mar=c(28,5,5,5),
              type = c('bar','l'),
              do.first="plot_bg(); grid(col=\"white\",lty=1)",axislab.cex = 1)

关于上面的设置

①本图的mar=c(28,5,5,5)设置有点大，可以出图是因为tiff中的 width 和 height 设置也很大，不在Rstudio画布中出图，可以根据自己画图和数据进行调整
②type = c('bar','l')有个BUG，就是不能type = c('bar','bar')，只会出现一个柱子，被覆盖了

增加图例

par(xpd=TRUE,new=TRUE)
#在原来图形的基础上绘制一张空图
plot(0:8, 0:8, type="n", xlab="",ylab="", axes=FALSE)
#添加左坐标轴轴图例
legend(6, 8, leg='Count', fill=c('green'), bty = 'n')
#添加右坐标轴轴图例
legend(6,  7.8, leg= 'PValue',col="red" ,lty =  1,bty = 'n')
par(xpd=FALSE, new=FALSE)

关于上面的设置

前面的数字，坐标定位，修改可以改位置
leg="图例名称"

输出文件

dev.off()

扩展补充——关于twoord.plot（）参数

数据

lx,ly,rx,ry：分别指定左坐标轴和右坐标轴的值，必须是连续的值
data：需要绘制双轴图形的数据框

外观

lcol,rcol：设置左右坐标轴的颜色，这样可以起到图例的作用
lpch,rpch：设置左右坐标轴图形的外观
halfwidth： 条形图的宽度
axislab.cex：设置坐标轴标签和刻度标签的大小
do.first：通过该参数可以往图形中添加背景色或网格线

标题

main：为图形指定标题
xlab：设置横坐标轴标签
xticklab：设置横坐标轴刻度标签
ylab：设置左坐标轴标签
rylab：设置又坐标轴标签

范围限制调整

xlim：限制横坐标值的范围
lylim,rylim：限制左右纵坐标值的范围

mar：设置图形边界距，默认值为(5,4,4,4)

轴刻度标签的位置

lytickpos：设置左坐标轴刻度标签的位置
rytickpos：设置右坐标轴刻度标签的位置
xtickpos：设置横坐标轴刻度标签位置

ylab.at：设置左坐标轴标签位置
rylab.at：设置右坐标轴标签位置

指定图形类型

type=c(,)
p" for points,
"l" - lines,
"b" - both,
"c" - the lines part alone of "b",
"o" - both ‘overplotted’,
"h" - ‘histogram’ like (or ‘high-density’) vertical lines,
"s" - stair steps,
"S" - other steps, see ‘Details’ below,
"n" - no plotting.