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NM | 高分辨空间转录组原位分析

NM | 高分辨空间转录组原位分析

作者: 胡童远 | 来源:发表于2020-12-01 09:19 被阅读0次

文章信息:

标题:High-definition spatial transcriptomics for in situ tissue profiling
中文:高分辨空间转录组原位分析
杂志:NM
时间:2019
单位:Broad Institute of MIT and Harvard, Cambridge

摘要:

空间和分子特征决定了组织功能,但同时捕获这两者的高分辨率方法却缺乏。在这里,我们开发了高清晰度的空间转录组学,它在密集的空间条形码珠阵列上从组织学组织切片捕获RNA。每个实验都能恢复数十万个转录耦合空间条形码,其分辨率为2-μm resolution,这在小鼠大脑和原发性乳腺癌中得到了证实。这为细胞和组织的高分辨率空间分析开辟了道路。

一、小鼠嗅球验证方法可行性

a workflow
b H&E结果比较BIN结果
c 三个区域差异分析结果
d Segmented nuclei (sn-like) and lightly binned (sc-like)空间barcode比较
e naive bayes classifier分析图层和细胞关系

二、肿瘤组织验证方法可行性

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