基本的安装软件

先了解一下基本方法，之后就用conda
分为几类
- 第一类是二进制可执行程序，google找到软件下载地址，wget，解压即可
- 第二类C源码程序，需要编译，一般是./configure,make,make install或者直接make，但是非常容易报错，比如作业题第11题，在下载samtools之后，为了编译和安装我先后装了gcc，zlib，libbzip2，每一个的装法还都不太一样，这个时候已经濒临崩溃了，但是系统残忍地告诉我，还是缺库。看来conda真是个好东西。
- 遇到的一些安装代码：sudo apt-get install yum install``wget
另外我注意到Jimmy老师的生物信息学常见1000个软件的安装代码！中经常出现这样的配置方法：./configure --prefix=/home/jianmingzeng/biosoft/myBin，而不是简单的./configure。一查才知，--prefix选项是配置安装的路径，如果不配置该选项，安装后可执行文件默认放在/usr/local/bin，库文件默认放在/usr/local/lib，配置文件默认放在/usr/local/etc，其它的资源文件放在/usr /local/share，比较凌乱。而设置该选项就可以把所有文件放进指定路径，使用和卸载都更方便。
安装之后，为了调用方便，可以
- 把绝对路径赋值给一个变量，然后用$变量名调用
- alias 变量=绝对路径，这样可以不加$调用
- 放进环境变量：echo 'export PATH=/home/user/biosoft/myBin/bin:$PATH' >> ~/.bashrc。相当于把export PATH="$PATH:绝对路径"这句话放到.bashrc的末尾。最后source ~/.bashrc使更改生效

另外的一些点

平时调用的ls其实不是他本来的样子，而是自动补加了选项--color=auto
.bz2文件用tar xvfj解压（这个可以在有需求的时候google）

学习软件的用法

首先找到example，里面会有示例数据
然后看帮助文档中的usage，看多了就容易看懂

包管理工具

从复杂的依赖关系中解脱出来

conda

优点

第三方软件齐全，安装方便
多环境管理，避免冲突
不需要权限

基本命令

添加镜像源：conda config -add conda config --show
查看已有环境：conda env -info
搜索：conda search
创建新环境：conda create -n env_name -prefix python=2 bwa
删除环境：conda remove -n env_name -all
conda cheatsheet

下载和安装conda

非常不幸，19年4月清华和中科大的镜像先后挂了，好在我有VPN，官方源下载依旧很快
找到下载链接，wget
bash
是否加入环境变量，选择加入

使用conda

添加频道（镜像）
1. 首先执行conda config --set show_channel_urls yes，生成~/.condarc文件；
2. 然后用vim把里面的内容替换成下面这段话：

<pre spellcheck="false" class="md-fences md-end-block ty-contain-cm modeLoaded" lang="" cid="n82" mdtype="fences" style="box-sizing: border-box; overflow: visible; font-family: var(--monospace); --select-text-bg-color: #36284e; --select-text-font-color: #fff; font-size: 0.9rem; line-height: 1.71429em; display: block; break-inside: avoid; text-align: left; white-space: normal; background-image: inherit; background-position: inherit; background-size: inherit; background-repeat: inherit; background-attachment: inherit; background-origin: inherit; background-clip: inherit; background-color: rgb(218, 218, 218); position: relative !important; margin-bottom: 3em; margin-left: 2em; padding-left: 1ch; padding-right: 1ch; width: inherit; color: rgb(31, 9, 9); font-style: normal; font-variant-ligatures: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: 400; letter-spacing: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration-style: initial; text-decoration-color: initial;">channels: