Conda也会小翻车

samtools: error while loading shared libraries: libtinfow.so.5: cannot open shared object file: No such file or directory

学习生信的第25天

今天终于到了比对的日子了，在使用trim_galore去掉接头和低质量的read后，使用hisat2进行比对。前期的构建索引没啥好说的，都是常规操作，建立了人的基因组索引
有点奇怪的是索引中有ht2文件特别小，分别是3、7、8，具体原因不清楚，查看了一下其他人建立的索引，发现也存在这样的情况

索引

生信技能树提供联系的服务器中的索引，可能是release的版本不一样（我用的是102），但是也是发现3、7、8的ht2文件特别小，所以可能这三个索引就是这么小。

报名呀，大兄弟们，不是托
ok，正式进入比对，首先构建一个index的位置。

 index=/mnt/w/20201209-rowdata/reference-genome-human/Ensembl/Homo_sapines/GRCH38_release102/Homo_sapiens.GRCh38 
#最后的文件是前缀！！！！前缀！！！前缀！！！就是 .1.ht2前面的文件名

然后就可以比对了

hisat2 -p 100  -x  ${index} -1 ../SRR1039508_1_val_1.fq -2 ../SRR1039508_2_val_2.fq -S hisat2-date/SRR1039508.Hisat_aln.sam
#p是设置线程数 -S是输出位置

sam文件转bam文件

samtools sort -@ 3 -o SRR1039508.Hisat_aln.sorted.bam SRR1039508.Hisat_aln.sam
samtools: error while loading shared libraries: libtinfow.so.5: cannot open shared object file: No such file or directory

到这里就开始离奇报错，以我多次考六级的经验就是缺了一个叫libtinfow.so.5的文件，百度了一下竟然就完整的解决方法 https://www.jianshu.com/p/f8a0692df264，大概意思就是conda直接安装的是1.8版本的samtools，似乎直接安装的samtools里面就没有libtinfow.so.5

image.png
傻瓜方法就是降级安装1.5版本的samtools
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然后问题就解决了！