对bam文件作基础统计

参考链接https://www.jianshu.com/p/82ed6e27f571
一、有多少read比对到参考基因组上
使用软件：samtools flagstat或idxstats
参考samtools命令详解http://www.cnblogs.com/emanlee/p/4316581.html

命令：samtools flagstat mybam
结果解析：
3826122 + 0 in total (QC-passed reads + QC-failed reads) #总共的reads数
0 + 0 secondary
1658 + 0 supplementary
343028 + 0 duplicates
3824649 + 0 mapped (99.96% : N/A) #总体reads的匹配率
3824464 + 0 paired in sequencing #总共的reads数
1912442 + 0 read1 #reads1中的reads数
1912022 + 0 read2 #reads2中的reads数
3808606 + 0 properly paired (99.59% : N/A) #完美匹配的reads数：比对到同一条参考序列，并且两条reads之间的距离符合设置的阈值
3821518 + 0 with itself and mate mapped #paired reads中两条都比对到参考序列上的reads数
1473 + 0 singletons (0.04% : N/A)  #单独一条匹配到参考序列上的reads数，和上一个相加，则是总的匹配上的reads数。
5882 + 0 with mate mapped to a different chr#paired reads中两条分别比对到两条不同的参考序列的reads数
4273 + 0 with mate mapped to a different chr (mapQ>=5) #paired reads中两条分别比对到两条不同的参考序列的reads数

命令:samtools idxstats mybam
结果：
chr1    248956422       53      0
chr2    242193529       30      0
chr3    198295559       30      0
chr4    190214555       26      0
chr5    181538259       14      0
chr6    170805979       18      0
chr7    159345973       18      0
chr8    145138636       22      0
chr9    138394717       20      0
chr10   133797422       30      0
chr11   135086622       30      0
chr12   133275309       18      0
chr13   114364328       14      0
chr14   107043718       18      0
chr15   101991189       21      0
chr16   90338345        18      0
chr17   83257441        22      0
chr18   80373285        8       0
chr19   58617616        26      0
chr20   64444167        10      0
chr21   46709983        2       0
chr22   50818468        16      0
chrX    156040895       24      0
chrY    57227415        0       0
chrM    16569   0       0

二、计算覆盖度coverage和测序深度depth
软件：
samtools depth
bedtools genomecov -ibam mybam -d >bedtools_genomecov_res

代码：bedtools genomecov -ibam mybam -d >bedtools_genomecov_res
结果：
chr1    1       0
chr1    2       0
chr1    3       0
chr1    4       0
chr1    5       0
chr1    6       0
chr1    7       0
chr1    8       0
chr1    9       0
chr1    10      0
chr1    11      0
chr1    12      0
代码：samtools depth mybam -a >samtools_depth_res
-a表示展示所有的pos，包括0深度的位点
结果：
chr1    1       0
chr1    2       0
chr1    3       0
chr1    4       0
chr1    5       0
chr1    6       0
chr1    7       0
chr1    8       0
chr1    9       0
chr1    10      0
chr1    11      0
chr1    12      0
chr1    13      0
chr1    14      0
chr1    15      0
chr1    16      0
chr1    17      0
chr1    18      0
chr1    19      0
chr1    20      0
chr1    21      0
chr1    22      0
chr1    23      0
chr1    24      0
chr1    25      0
chr1    26      0
chr1    27      0
chr1    28      0
chr1    29      0