RNA-seq上游分析（3）-使用featureCounts对b

作者: 灵活胖子的进步之路 | 来源:发表于2020-11-25 08:48 被阅读0次

RNA-seq上游分析（3）-使用featureCounts对b
将salmon生成的数据导入R语言做DESeq2差异分析
RNA-seq上游分析的最后一站：featureCounts
BSR-(RNA-seq)数据进行BSR分析-更新中
RNA-seq上游分析
使用DEseq2计算FPKM后计算TPM
普通转录组将表达矩阵拆分成protein_coding和 lin
RNA-seq 数据上游分析
RNA-seq实战上游分析
RNA-SEQ（一）:上游分析

使用featureCounts对bam文件进行定量。

## 定义输入输出文件夹
gtf=/home/zk/project/reference/annotateGTF/Homo_sapiens.GRCh38.101.gtf.gz
inputdir=/media/zk/crlm/map
outputdir=/media/zk/crlm/count

# featureCounts对bam文件进行计数
nohup featureCounts -T 16 -p -t exon -g gene_id -a $gtf -o all.id.txt $inputdir/*.sorted.bam >count.log 2>&1 &

# 对定量结果质控
nohup multiqc all.id.txt.summary >countqc.log 2>&1 &

# 得到表达矩阵
cat all.id.txt | cut -f1,7- > counts.txt

RNA-seq上游分析（3）-使用featureCounts对b
使用featureCounts对bam文件进行定量。
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