美文网首页Single cell analysisScience相关 杂实用小公举
万能转换，R图和统计表转成发表级的Word，PPT，Excel，

万能转换，R图和统计表转成发表级的Word，PPT，Excel，

作者: 生信宝典 | 来源:发表于2019-10-28 19:26 被阅读0次

    R包export可以轻松的将R绘制的图和统计表输出到Microsoft Office（Word，PowerPoint和Excel），HTML和Latex中，其质量可以直接用于发表。

    特点

    1. 可以用命令将交互式R图或ggplot2，Lattice或base R保存到Microsoft Word，Powerpoint或其他各种位图或矢量格式。

    2. 完全可编辑的简报矢量格式输出，支持手动整理绘图布局。

    3. 将统计分析的输出保存为的Excel，Word，PowerPoint中，乳胶或HTML文档的表格形式。

    4. 自定义ř输出格式。

    安装

    export包可以在Windows中，Ubuntu的和苹果机上跨平台运行不过有些Mac的发行版默认情况下没有安装开罗设备，需要自行安装如果Mac的用户已安装XQuartz，这个问题就解决了，它可以从HTTPS：// www.xquartz.org/免费获得。

    官方CRAN发布

    install.packages("export")

    该包主要包括以下几种转换

    • graph2bitmap

    • graph2office

    • graph2vector

    • rgl2bitmap转换3D图

    • table2office

    • table2spreadsheet

    • table2tex

    • graph2bitmap：将当前R图保存到bmp文件中

    • graph2png：将当前R图保存到png文件中

    • graph2tif：将当前R图保存到TIF文件中

    • graph2jpg：将当前R图保存为JPEG文件

    使用帮助信息如下：

    graph2bitmap(x = NULL, file = "Rplot", fun = NULL, type = c("PNG","JPG", "TIF"),
        aspectr = NULL, width = NULL, height = NULL, dpi = 300,scaling = 100,
        font =ifelse(Sys.info()["sysname"] == "Windows", "Arial",
        "Helvetica")[[1]], bg = "white", cairo = TRUE,
        tiffcompression = c("lzw", "rle", "jpeg", "zip", "lzw+p", "zip+p"),
        jpegquality = 99, ...)

    • aspectr：期望纵横比。如果设置为空，则使用图形设备的纵横比。

    • width：所需宽度（英寸）;可以与期望的纵横比aspectr组合。

    • height：所需高度（英寸）;可以与期望的纵横比aspectr组合。

    • scaling：按一定比例缩放宽度和高度。

    • font：PNG和TIFF输出中标签所需的字体; 的Windows系统默认为宋体，其他系统默认为黑体。

    • bg：所需的背景颜色，例如“白色”或“透明”。

    • cairo：逻辑，指定是否使用Cairographics导出。

    • tiffcompression：用于TIF文件的压缩。

    • jpegquality：JPEG压缩的质量。

    准备开始

    完安装 export包后，先调用该包

    library(export)

    用ggplot2绘图

    library(ggplot2)library(datasets)

    x=qplot(Sepal.Length, Petal.Length, data = iris,
        color = Species, size = Petal.Width, alpha = I(0.7))

    qplot()的意思是快速作图，利用它可以很方便的创建各种复杂的图形，其他系统需要好几行代码才能解决的问题，用qplot只需要一行就能完成。

    使用半透明的颜色可以有效减少图形元素重叠的现象，要创建半透明的颜色，可以使用alpha图形属性，其值从0（完全透明）到1（完全不透明）。更多ggplot2绘图见ggplot2高效实用指南（可视化脚本，工具，套路，配色） （往期教程更有很多生物信息相关的例子）。

    鸢尾花（iris）是数据挖掘常用到的一个数据集，包含150个鸢尾花的信息，每50个取自三个鸢尾花种之一（setosa，versicolour或virginica）。每个花的特征用下面的5种属性描述萼片长度（Sepal.Length），萼片宽度（Sepal.Width），花瓣长度（Petal.Length），花瓣宽度（Petal.Width），类（Species）。

    在console里展示数据图（长宽比自己调节）：

    image

    导出图形对象

    # 需运行上面的ggplot2绘图
# Create a file name
# 程序会自动加后缀
filen <- "output_filename" # or
# filen <- paste("YOUR_DIR/ggplot")

# There are 3 ways to use graph2bitmap():

### 1. Pass the plot as an object
graph2png(x=x, file=filen, dpi=400, height = 5, aspectr=4)
graph2tif(x=x, file=filen, dpi=400, height = 5, aspectr=4)
graph2jpg(x=x, file=filen, dpi=400, height = 5, aspectr=4)

    导出当前绘图窗口展示的图

    ### 2. Get the plot from current screen device

# 注意这个x，是运行命令，展示图像
x
graph2png(file=filen, dpi=400, height = 5, aspectr=4)
graph2tif(file=filen, dpi=400, height = 5, aspectr=4)
graph2jpg(file=filen, dpi=400, height = 5, aspectr=4)

    导出自定义函数输出的一组图

    ### 3. Pass the plot as a functio
plot.fun <- function(){
  print(qplot(Sepal.Length, Petal.Length, data = iris,
              color = Species, size = Petal.Width, alpha = 0.7))
}
graph2png(file=filen, fun=plot.fun, dpi=400, height = 5, aspectr=4)
graph2tif(file=filen, fun=plot.fun, dpi=400, height = 5, aspectr=4)
graph2jpg(file=filen, fun=plot.fun, dpi=400, height = 5, aspectr=4)

    转换后的图形：

    image

    与办公室系列的交互

    大部分图的细节修改都是用代码完成的，不需要后续的修饰;但如果某一些修改比较特异，不具有程序的通用性特征，或实现起来比较困难，就可以考虑后期修改比如用AI 文章用图的修改和排版。熟悉PPT的，也可以用PPT，这时ř的图导出PPT，用到就要graph2office系列函数了。

    graph2ppt：将当前R图保存到Microsoft Office PowerPoint / LibreOffice Impress演示文稿中。

    graph2doc：将当前的R图保存到Microsoft Office Word / LibreOffice Writer文档中。

    函数参数展示和解释

    graph2office(x = NULL, file = "Rplot", fun = NULL, type = c("PPT", "DOC"),
        append = FALSE, aspectr = NULL, width = NULL, height = NULL,scaling = 100,
        paper = "auto", orient = ifelse(type[1] == "PPT","landscape", "auto"),
        margins = c(top = 0.5, right = 0.5, bottom = 0.5, left= 0.5),
        center = TRUE, offx = 1, offy = 1, upscale = FALSE, vector.graphic = TRUE, ...)

    • margins：预设留白边距向量。

    • paper：纸张尺寸 - “A5”至“A1”用于Powerpoint导出，或“A5”至“A3”用于Word输出;默认“auto”自动选择适合您的图形的纸张大小。如果图太大，无法在给定的纸张大小上显示，则按比例缩小。

    • orient：所需的纸张方向 - “自动”，“纵向”或“横向”; 字输出默认为“自动”，简报默认为“横向”。

    • vector.graphic：指定是否以可编辑的向量DrawingML格式输出。默认值为TRUE，在这种情况下，编辑Powerpoint或Word中的图形时，可以先对对图形元素进行分组。如果设置为FALSE，则将该图以300 dpi的分辨率栅格化为PNG位图格式。（栅（shān）格化，是PS中的一个专业术语，栅格即像素，栅格化即即矢量图形转化为位图。）

    同样有3种导出方式

    # 需运行上面的ggplot2绘图
# Create a file name
filen <- "output_filename" # or
# filen <- paste("YOUR_DIR/ggplot")

# There are 3 ways to use graph2office():

### 1. Pass the plot as an object
# 导出图形对象

graph2ppt(x=x, file=filen)
graph2doc(x=x, file=filen, aspectr=0.5)
### 2. Get the plot from current screen device

# 导出当前预览窗口呈现的图
x
graph2ppt(file=filen, width=9, aspectr=2, append = TRUE)
graph2doc(file=filen, aspectr=1.7, append =TRUE)

### 3. Pass the plot as a function
# 导出自定义函数输出的一系列图
graph2ppt(fun=plot.fun, file=filen, aspectr=0.5, append = TRUE)
graph2doc(fun=plot.fun, file=filen, aspectr=0.5, append = TRUE)

    导出到办公室（PPT和字）中的图形，是可编辑的：

    image image

    其它导出到PPT的例子（设置长宽比）

    graph2ppt(file="ggplot2_plot.pptx", aspectr=1.7)

    增加第二张同样的图，9英寸宽和A4长宽比的幻灯片（append = T，追加）

    graph2ppt(file="ggplot2_plot.pptx", width=9, aspectr=sqrt(2), append=TRUE)

    添加相同图形的第三张幻灯片，宽度和高度固定

    graph2ppt(file="ggplot2_plot.pptx", width=6, height=5, append=TRUE)

    禁用矢量化图像导出

    graph2ppt(x=x, file=filen, vector.graphic=FALSE, width=9, aspectr=sqrt(2), append = TRUE)

    用图填满幻灯片

    graph2ppt(x=x, file=filen, margins=0, upscale=TRUE, append=TRUE)

    输出矢量图

    • graph2svg：将当前的R图保存为SVG格式

    • graph2pdf：将当前的R图保存为PDF格式

    • graph2eps：将当前的R图保存为EPS格式

    函数参数解释

    graph2vector(x = NULL, file = "Rplot", fun = NULL, type = "SVG",aspectr = NULL,
        width = NULL, height = NULL, scaling = 100,
        font = ifelse(Sys.info()["sysname"] == "Windows",
        "Arial","Helvetica")[[1]], bg = "white", colormodel = "rgb",
        cairo = TRUE,fallback_resolution = 600, ...)
    • fallback_resolution：dpi中的分辨率用于栅格化不支持的矢量图形。
    #需运行上面的ggplot2绘图
# Create a file name
filen <- "output_filename" # or
# filen <- paste("YOUR_DIR/ggplot")
# There are 3 ways to use graph2vector():
### 1. Pass the plot as an object
# 导出图形对象
graph2svg(x=x, file=filen, aspectr=2, font = "Times New Roman",
          height = 5, bg = "white")
graph2pdf(x=x, file=filen, aspectr=2, font = "Arial",
          height = 5,  bg = "transparent")
graph2eps(x=x, file=filen, aspectr=2, font = "Arial",
          height = 5, bg = "transparent")

# 导出当前预览窗口呈现的图
### 2. Get the plot from current screen device
x
graph2svg(file=filen, aspectr=2, font = "Arial",
          height = 5, bg = "transparent")
graph2pdf(file=filen, aspectr=2, font = "Times New Roman",
          height = 5, bg = "white")
graph2eps(file=filen, aspectr=2, font = "Times New Roman",
          height = 5, bg = "white")

# 导出自定义函数输出的一系列图
### 3. Pass the plot as a function

graph2svg(file=filen, fun = plot.fun, aspectr=2, font = "Arial",
          height = 5, bg = "transparent")
graph2pdf(file=filen, fun=plot.fun, aspectr=2, font = "Arial",
          height = 5, bg = "transparent")
graph2eps(file=filen, fun=plot.fun, aspectr=2, font = "Arial",
          height = 5, bg = "transparent")

    转换3D图形

    rgl2png：将当前的rgl 3D图形保存为PNG格式。

    rgl2bitmap(file = "Rplot", type = c("PNG"))

    # Create a file name
filen <- tempfile("rgl") # or
# filen <- paste("YOUR_DIR/rgl")

# Generate a 3D plot using 'rgl'
x = y = seq(-10, 10, length = 20)
z = outer(x, y, function(x, y) x^2 + y^2)
rgl::persp3d(x, y, z, col = 'lightblue')

# Save the plot as a png
rgl2png(file = filen)
# Note that omitting 'file' will save in current directory

    生成的3D图形：

    image

    将生成的3D图形保存为PNG格式：

    image

    输出统计结果到表格 table2spreadsheet

    • table2excel：导出统计输出到Microsoft Office Excel / LibreOffice Calc电子表格中的一个表。

    • table2csv：将统计输出以CSV格式导出到表中（“”“”，表示值分隔，表示小数）

    • table2csv2：将统计输出以CSV格式导出到表中（“;”表示值分隔，“，”表示小数）

    table2spreadsheet(x = NULL, file = "Rtable", type = c("XLS", "CSV",
  "CSV2"), append = FALSE, sheetName = "new sheet", digits = 2,
  digitspvals = 2, trim.pval = TRUE, add.rownames = FALSE, ...)

    • sheetName：一个字符串，给出创建的新工作表的名称（仅针对类型==“XLS”）。它必须是惟一的（不区分大小写），不受文件中任何现有工作表名称的影响。

    • digits：除具有p值的列外，要显示所有列的有效位数的数目。

    • digitspvals：具有p值的列要显示的有效位数的数目。

    # Create a file name
filen <- "table_aov" # or
# filen <- paste("YOUR_DIR/table_aov")

# Generate ANOVA output
fit=aov(yield ~ block + N * P + K, data = npk) # 'npk' dataset from base 'datasets'
x=summary(fit)

# Save ANOVA table as a CSV
### Option 1: pass output as object
# 输出对象
table2csv(x=x,file=filen, digits = 1, digitspvals = 3, add.rownames=TRUE)

# 屏幕输出导出到文件
### Option 2: get output from console
summary(fit)
table2csv(file=filen, digits = 2, digitspvals = 4, add.rownames=TRUE)

# Save ANOVA table as an Excel
# Without formatting of the worksheet
x
table2excel(file=filen, sheetName="aov_noformatting", digits = 1, digitspvals = 3, add.rownames=TRUE)
# 更多参数
# With formatting of the worksheet
table2excel(x=x,file=filen, sheetName="aov_formated", append = TRUE, add.rownames=TRUE, fontName="Arial", fontSize = 14, fontColour = rgb(0.15,0.3,0.75),  border=c("top", "bottom"), fgFill = rgb(0.9,0.9,0.9), halign = "center", valign = "center", textDecoration="italic")

    原始数据的表格：

    image

    转换格式之后的，在控制台中的数据：

    image

    文件（CSV和EXCEL）中表格数据：

    image image

    导出为字中的表，再也不用复制粘贴调格式了 table2office

    table2ppt：导出统计输出到Microsoft Office PowerPoint / LibreOffice Impress演示文稿中的表

    table2doc：将统计输出导出到Microsoft Office Word / LibreOffice Writer文档中的表

    table2office(x = NULL, file = "Rtable", type = c("PPT", "DOC"),
  append = FALSE, digits = 2, digitspvals = 2, trim.pval = TRUE,
  width = NULL, height = NULL, offx = 1, offy = 1,
  font = ifelse(Sys.info()["sysname"] == "Windows", "Arial",
  "Helvetica")[[1]], pointsize = 12, add.rownames = FALSE)

    # Create a file name
filen <- "table_aov"
# filen <- paste("YOUR_DIR/table_aov")

# Generate ANOVA output
fit=aov(yield ~ block + N * P + K, data = npk) # 'npk' dataset from base 'datasets'
# Save ANOVA table as a PPT
### Option 1: pass output as object
x=summary(fit)
table2ppt(x=x,file=filen, digits = 1, digitspvals = 3, add.rownames =TRUE)

### Option 2: get output from console
summary(fit)
table2ppt(x=x,file=filen, width=5, font="Times New Roman", pointsize=14, digits=4, digitspvals=1, append=TRUE, add.rownames =TRUE) # append table to previous slide

# Save ANOVA table as a DOC file
table2doc(x=x,file=filen, digits = 1, digitspvals = 3, add.rownames =TRUE)
summary(fit)
table2doc(file=filen, width=3.5, font="Times New Roman", pointsize=14,  digits=4, digitspvals=1, append=TRUE, add.rownames =TRUE) # append table at end of document

    将表格数据导出到PPT和词中：

    image image

    table2tex

    table2html：导出统计输出到HTML表。

    table2tex(x = NULL, file = "Rtable", type = "TEX", digits = 2,
  digitspvals = 2, trim.pval = TRUE, summary = FALSE, standAlone = TRUE,
  add.rownames = FALSE, ...)

    summary：是否汇总数据文件。

    standAlone：导出的乳胶代码应该是独立可编译的，还是应该粘贴到另一个文档中。

    add.rownames：是否应该将行名添加到表中（在第一列之前插入一列）。

    # Create a file name
filen <- tempfile(pattern = "table_aov") # or
# filen <- paste("YOUR_DIR/table_aov")

# Generate ANOVA output
fit=aov(yield ~ block + N * P + K, data = npk) # 'npk' dataset from base 'datasets'
x=summary(fit)

# Export to Latex in standAlone format
table2tex(x=x,file=filen,add.rownames = TRUE)
# Export to Latex to paste in tex document
summary(fit) # get output from the console
table2tex(file=filen, standAlone = FALSE,add.rownames = TRUE)

# Export to HTML
table2html(x=x,file=filen) # or
summary(fit) # get output from the console
table2html(file=filen,add.rownames = TRUE)

    导出到HTML或TEX中的表格数据：

    image

    相关文章

      网友评论

        本文标题：万能转换，R图和统计表转成发表级的Word，PPT，Excel，

        本文链接：https://www.haomeiwen.com/subject/uemxuctx.html

        延伸阅读

        深度阅读

        • 您也可以注册成为美文阅读网的作者，发表您的原创作品、分享您的心情！

        栏目导航

        热点阅读

        Single cell analysis

        Science相关 杂

        实用小公举

        关于我们|服务条款|联系我们|万能转换，R图和统计表转成发表级的Word，PPT，Excel，|投稿指南|网站地图|RSS订阅|排版工具|手机版

        提供经典美文摘抄,优美散文欣赏,现代诗歌精选,短篇小说,心情随笔,表白情书范文,故事会在线阅读欣赏

        Copyright © 2014-2023 Haomeiwen.com All Rights Reserved. 好美文阅读网 版权所有

        备案信息：桂公网安备 45052102000051号 · 桂ICP备13007215号-3

        本站所收录作品、热点评论等信息部分来源互联网，目的只是为了系统归纳学习和传递资讯

        所有作品版权归原创作者所有，与本站立场无关，如不慎侵犯了你的权益，请联系我们告知，我们将做删除处理！