如何对不同的细胞做基因敲除细胞系的改造?
特别是如何筛选细胞是基因敲除细胞成败的关键点!如果选择的方法不对,或者细胞不对,将不可避免的要全部基因敲除细胞的工作推翻重来,下面我们来看看影响基因敲除细胞的要点有哪些吧?搞清楚具体的流程和步骤,轻松搞定基因敲除细胞系。
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做基因敲除的细胞如何选?
1、最重要的就是:不能有支原体污染,这个东西在绝大部分的实验室都不太重视,所以导致这个问题非常严重!如果支原体污染的细胞会导致细胞的增殖问题,同时还会影响细胞的代谢,出来的数据也是很奇怪的。检测方法:PCR法或者是培养法;
2、基因敲除的细胞特点有:细胞容易增殖,克隆形成率高,没有多基因的问题,染色体不要突变太严重;不增殖的细胞,就算是做了细胞基因敲除,也无法获得基因敲除的单克隆,细胞极其有限;如果克隆的拷贝数太多,做基因敲除是非常难以获得纯合敲除的细胞系的,具体原因就是:如果敲除效率是x,那拷贝数是n,那纯合敲除的效率就是:Xn,具体可见有多低了!
人胶质瘤细胞U251
3、做基因敲除的细胞系,最好是肿瘤细胞系,不要是永生细胞系,很多永生细胞系往往都做起来挺困难;
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基因敲除细胞系的敲除策略?
1、优选做片段敲除,片段敲除,片段敲除!
重要的事情说3遍,其实很简单,如果做移码敲除,一个细胞里面有2个基因位点,是非常困难保证两个位点都一样的移码,所以就会有不同的移码的数据,所以鉴定的时候测序看图的时候非常麻烦!而且最重要是:移码很多时候并不彻底,会在后续的实验中出现Western Blot的问题!!!神秘的条带,可以让你很头疼。(很多平台会告诉你,那个不是你要的条带,不要管他就好。骗谁呢?文章还怎么发?)所以,选择片段敲除是一个最为保险的办法:大片段几kb的缺失,mRNA就没有目的蛋白的转录,Western Blot那才叫放心。海星生物平台一直坚持为客户做片段敲除的细胞服务。
细胞基因敲除
2、容易鉴定敲除策略:基因敲除细胞系,如果是片段敲除,很容易通过对目的片段的PCR扩增的方式,判断是否为纯合敲除细胞系;这个不知道要甩移码敲除多少条街了。PCR鉴定有多方便?再想想测序和读图谱的有多累。
细胞基因敲除PCR鉴定
3、基因敲除细胞系的扩增:海星生物不仅仅提供敲除,还提供扩增,很多细胞都不好扩增,我们可以依据需要扩增到客户需要的敲除细胞量。
4、MixClone技术:性价比超高的基因敲除细胞系服务;(Cell Pool)
5、ClonePlus技术:再困难的细胞,我们也可以做到基因敲除纯合克隆交付。
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周期分析?
1、如果用病毒法,构建载体,包病毒,转染细胞,筛选,单克隆,PCR鉴定/测序,扩增——这个流程一个步骤都少不了,肯定做到你怀疑人生;
2、用海星生物特有的瞬时电转技术:超过表达量的Cas9蛋白+gRNA,快速靶向,最快只需要5周时间,7-12周就可以拿到纯合子细胞;
3、所以选择细胞也不要选择增殖太慢的,否则做基因敲除细胞系,绝对是一个要有耐心的工作。
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拿到细胞怎么用?
1、如果需要大量扩增:海星生物还可以赠送细胞培养基,培养起来更方便;同时是单克隆的细胞,完全不用担心培养过程中蛋白回复的问题,如果是移码突变,大量扩增试试看,如果两个拷贝移码序列不一致,很快就出现回复突变,蛋白又回来了(特别是敲除的蛋白对细胞增殖有优势的)
2、细胞回输和代谢实验更放心:海星生物提供的所有的细胞都经过严格测试,保证安全无污染,低内毒素可以直接用于动物实验;做代谢分析也能更加安心。
Cas9基因敲除 vs RNA干扰
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