在食品工厂设计中，对食品工厂洁净室不仅依靠空气过滤的方法，使送入食品工厂洁净室内的空气中的生物或非生物微粒数量受到严格控制，还要对室内器具、地面、墙面、壁板等表面进行消毒处理。因此，生物洁净室除了满足一般食品工厂洁净室的要求外，其内部材料还要能经受各种灭菌剂的侵蚀。
通过亚高效或高效过滤器的空气可视为无菌空气，但是过滤仅是一种除菌手段，并没有杀菌作用，由于食品工厂洁净室内有人员、物料等污染源存在，因此只要有微生物所需要的营养源存在的地方，就可能使微生物生存、繁衍。因此食品工厂洁净室的设计、管理运行中决不可忽视消毒灭菌措施。
传统的灭菌方法有紫外线灭菌、药剂灭菌和加热灭菌。这些方法已被人们熟知，其安全可靠性已被长期的实践确认。但这些方法也有各自的缺陷，如紫外线杀菌，其装置设置和使用都较方便，但因穿透能力有限，对紫外线照射不到的地方，灭菌效果不好，且灯管寿命短，更换频繁，运行费用高；化学试剂灭菌，如甲醛熏蒸法，操作麻烦，熏蒸时间长，有二次污染物，对体有一定的危害，熏蒸后残留物附着在洁净室的墙面和设备表面等，需要擦净，有时处理不当，在灭菌后的数日内，其悬浮粒子数会有所增加；加热灭菌包括干热和湿热，其缺点是温度高、能耗大，有些物品如某些原材料、仪器仪表、塑料制品等则不宜采用。
近年来，臭氧灭菌在医药产品、生物药品制造过程中得到日益广泛的应用，臭氧是一种广谱杀菌剂，可杀灭细菌繁体和芽孢、病毒、真菌等，可破坏内毒杆菌毒素。臭氧在水中的杀菌作用较氯快。臭氧灭菌方法现已在一些生物洁净室用于管道和容器的消毒灭菌，通过净化空调系统对洁净室灭菌，物品的表面消毒和水的消毒灭菌等。
在具体的食品工厂洁净室中采用哪一种灭菌方法，应根据食品工厂洁净室的用途、产品生产工艺特点和采用的生产设备的实际情况确定。
臭氧（O3）是氧的同类异形体。臭氧是一种强氧化剂，它的灭菌过程属于生物化学氧化反应，氧化分解细菌内部氧化葡萄糖所必须的葡萄糖氧化酶；可直接与细菌、病毒发生作用，破坏其细胞、核糖核酸等。臭氧属于溶菌类的灭菌剂，当空气中含有一定浓度臭氧（2～15）×10-6］，对细菌、病毒等微生物内部结构有极强的氧化破坏性，可达到杀灭细菌繁殖体、芽孢、甲乙型肝炎病毒、真菌和原虫胞囊等各种细菌，还可破坏内毒杆菌的毒素及立克次氏体等。臭氧具有很强的除霉、腥、臭，防霉、防虫蛀等作用。
臭氧灭菌法与紫外线法、化学熏蒸法等相比，具有操作使用方便，不像甲醛熏蒸法费工费时，也没有二次污染的清洗问题；不像紫外线照射法可能出现的死角，臭氧的扩散作用可使任何角落都得到消毒灭菌。目前臭氧灭菌法已在国内200多家医药工厂使用，主要用于洁净室消毒灭菌和净化空调系统，对纯水及注射水消毒灭菌等，已有20多家通过GMP认证。医药工厂洁净室的臭氧灭菌一般是在净化空调系统等适当位置安装臭氧发生器，消毒灭菌时关闭新风进口和回风对外排放风阀，使装置外形整个被消毒灭菌的洁净室空气通过风管形成循环状态，每天开机做空气灭菌1～1.5h。
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