表观遗传学是指不涉及DNA序列变化的、可以稳定传递的基因表达的变化,基因型+环境=表型。
研究对象主要包括:DNA甲基化、组蛋白修饰、noncoding RNA、cis-regulatory elements、染色质高级结构。
研究手段主要有C系列实验技术与image成像技术,包括:
(1)研究DNA甲基化的WGBS、MeDIP-seq、hMeDIP-seq、MeRIP-seq(m6A)、RRBS;
(2)研究组蛋白修饰的ChIP-seq、CUT&RUN、CUT&Tag;
(3)研究nc RNA的sRNA-seq、circ RNA-seq、lncRNA-seq、RACE(full-length lncRNA);
(4)研究cis-regulatory elements的Dnase-seq、Mnase-seq、ATAC-seq;
(5)DNA层面研究染色质高级结构的3C、4C、5C、Hi-C、Ocean-C、DLO Hi-C、CAP-C、Dnase-Hi-C;
(6)RNA层面研究染色质高级结构的ChIRP-Seq;
(7)蛋白层面研究染色质高级结构的ChIA-PET、Hi-ChIP、CUT-C、RIP-seq;
(8)研究基因表达的RNA-seq、Ribosome profiling;
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