小 RNA 比对

小RNA 网站 

http://www.mirbase.org/

安装 比对软件

conda install -c bioconda bowtie2

建立索引：

mkdir bowtie2_index

cd bowtie2_index

/home/weiyx/miniconda2/bin/bowtie2-build ~/ncbi/public/sra/hairpin.fa hairpin

比对：

/home/weiyx/miniconda2/bin/bowtie2 -x ~/ncbi/public/sra/bowtie2_index/hairpin -U ~/ncbi/public/sra/SRX3776754.fastq -S SRX3776754.hairpin.sam

结果都没有比对上。

找原因。

参考生物技能树：

http://www.bio-info-trainee.com/1703.html