[ZHUHAI_Biotrainee]学会使用包（以maftoo

学会如何使用包使我们在以后的学习过程中能非常重要的一项技能。

下面，以maftools为例，进行介绍。

1、打开Bioconducor,我们来选择一个关于maftools的概括

看标题，选择合适Web

打开后，是这样的：

霸气侧漏的Web，好多的代码打进RStudio中看看是什么样子的哦
2、当你得到了一个文件，要用maftools去分析，怎么做呢？
从网站中我得到的代码是如下图所示，这个代码将作为我之后的一个参考：

if (!require("BiocManager"))
  install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("maftools")   #安装包
require(maftools) 
tcga.ab.009.seg <- system.file("extdata", "TCGA.AB.3009.hg19.seg.txt", package = "maftools")
system.file("extdata", "TCGA.AB.3009.hg19.seg.txt", package = "maftools")
plotCBSsegments(cbsFile = tcga.ab.009.seg)

这个代码是一个演示代码，作出解释：
①运行tcga.ab.009.seg <- system.file("extdata", "TCGA.AB.3009.hg19.seg.txt", package = "maftools")时，我们发现system.file("extdata", "TCGA.AB.3009.hg19.seg.txt", package = "maftools")其实是一个路径
② 运行plotCBSsegments(cbsFile = tcga.ab.009.seg)时，其实是利用plotCBSsegments 对路径做一个操作。
这就是演示代码的一个思维，要清楚的明白他的对象是什么。

用以上的思维我们对一个文件allTumor.seg作出运用
代码如下：

plotCBSsegments(cbsFile = 'file:///E:/生信技能树/Qi_study(1 month)/maftools包/experice1/allTumor.seg')
#上一步的代码和下一步的代码意义相同。这么写两步的的原因是为了明白 plotCBSsegments的操作对象是路径，而allTumor.seg已经在project中，所以我们不需要在运行有关显示代码（类似“system.file("extdata", "TCGA.AB.3009.hg19.seg.txt", package = "maftools")）的代码操作了
plotCBSsegments(cbsFile = 'allTumor.seg')
plotCBSsegments(cbsFile = 'allTumor.seg',ylims = c(-2,2),savePlot=T)

解释：
①plotCBSsegments(cbsFile = 'file:///E:/生信技能树/Qi_study(1 month)/maftools包/experice1/allTumor.seg')和plotCBSsegments(cbsFile = 'allTumor.seg')代码意义相同。这么写两步的的原因是为了明白 plotCBSsegments的操作对象是路径，而allTumor.seg已经在project中，所以我们不需要在运行有关显示代码（类似“system.file("extdata", "TCGA.AB.3009.hg19.seg.txt", package = "maftools")）的代码操作了
②继续阅读?plotCBSsegments，根据说明书里面的参数进行设置，调整图片。

重点（经验之谈）：
①比较前后差别，做出改变：刚刚我们得到的代码是十分正确的，我也成功的读入进去了。但是在刚刚开始的时候，plotCBSsegments(cbsFile = 'allTumor.seg')却按报错。原因在哪里？？
我们找到演示文件和我们得到文件的差别，细致观察发现演示文件有表头，而我们得到的文件缺失表头。当在我们得到的文件处加上表头时，再运行该代码，成功！
如果不理解，看图：

演示文件

实操文件

到这里 你看到两者的差别了吗？是不是差一个表头呢？
②命名有讲究，比如后缀。
Eg：tcga.ab.009.seg <- system.file("extdata", "TCGA.AB.3009.hg19.seg.txt", package = "maftools") 这个代码中tcga.ab.009.seg 的后缀名是seg,如果我们把这个代码换成
a<- system.file("extdata", "TCGA.AB.3009.hg19.seg.txt", package = "maftools") 抱歉，后面要出故障了。这就是后缀啦~

整合以上信息，作出代码整合如下图：

rm(list = ls())
require(maftools) 
tcga.ab.009.seg <- system.file("extdata", "TCGA.AB.3009.hg19.seg.txt", package = "maftools")
system.file("extdata", "TCGA.AB.3009.hg19.seg.txt", package = "maftools")
plotCBSsegments(cbsFile = tcga.ab.009.seg)
#a.seg <- system.file("extdata", "TCGA.AB.3009.hg19.seg.txt", package = "maftools")
#plotCBSsegments(cbsFile = a.seg)
#plotCBSsegments(cbsFile = a.seg)

plotCBSsegments(cbsFile = 'file:///E:/生信技能树/Qi_study(1 month)/maftools包/experice1/allTumor.seg')
#上一步的代码和下一步的代码意义相同。这么写两步的的原因是为了明白 plotCBSsegments的操作对象是路径，而allTumor.seg已经在project中，所以我们不需要在运行有关显示代码（类似“system.file("extdata", "TCGA.AB.3009.hg19.seg.txt", package = "maftools")）的代码操作了
plotCBSsegments(cbsFile = 'allTumor.seg')
plotCBSsegments(cbsFile = 'allTumor.seg',ylims = c(-2,2),savePlot=T)