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本地blast

本地blast

作者: 余绕 | 来源:发表于2023-02-10 16:07 被阅读0次
    1. Create database
     makeblastdb  -dbtype   prot  -in  human_protein.fasta  -out   human_protein
    

    -dbtype:数据类型
    -in:输入蛋白组数据
    -out:输出库的后缀 最好和蛋白组数据一致。

    2. 本地blast
    blastp -num_threads 32 -query rice_sg.txt -db human_protein -out  out.txt -max_target_seqs 1 -evalue 1E-10 -outfmt "6 qaccver pident length mismatch gapopen qstart qend sstart send evalue bitscore stitle"
    

    -max_target_seqs:1
    -out: 输出名字

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