1. Create database
makeblastdb -dbtype prot -in human_protein.fasta -out human_protein
-dbtype:数据类型
-in:输入蛋白组数据
-out:输出库的后缀 最好和蛋白组数据一致。
2. 本地blast
blastp -num_threads 32 -query rice_sg.txt -db human_protein -out out.txt -max_target_seqs 1 -evalue 1E-10 -outfmt "6 qaccver pident length mismatch gapopen qstart qend sstart send evalue bitscore stitle"
-max_target_seqs:1
-out: 输出名字
网友评论