R Markdown 使用方法笔记

记录一些R Markdown中与一般的Markdown不同的用法。

1.代码块设置

• echo=FALSE最终的文档中不会显示代码，只会显示代码运行的结果和图像
• results="hide"隐藏结果，显示图像
• include=FALSE隐藏代码和运行的输出（写报告时可使用include=FALSE来隐藏所有的代码，从而突出图像。）
• fig.show="hide" 隐藏图像
• 对于图像，可以通过fig.width和fig.height来设置宽和高，举例：

```{r scatterplot, fig.width=8, fig.height=6}
plot(x,y)

• 使用include=FALSE隐藏所有的代码、结果和图像，同时使用include=TRUE和results="hide"则会隐藏结果显示图像
• eval=FALSE显示代码而不显示运行结果
• 表格输出设置：

```{r, results='asis'}
knitr::kable(mtcars)

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2.全局代码块设置

避免每次使用代码块都重复敲代码来设置代码块，可按如下设置初始代码块：

```{r global_options, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(fig.width=12, fig.height=8, fig.path='Figs/',
                      echo=FALSE, warning=FALSE, message=FALSE)

warning=FALSE 和message=FALSE最终文档中不会显示R软件任何的提示信息， fig.path='Figs/'把图片保存在Figs子文件夹中（默认情况下图片不会被保存，注意Figs后面的斜线“/”不可少，否则图片会以Figs为文件名开头被保存在主目录中）。
如果在某个特定代码块中需要不一样的设置，可以单独设置该代码块，如：

```{r a_taller_figure, fig.height=32}
par(mfrow=c(8,2))
for(i in 1:16)
  plot(x[,i], y[,i])

在给合作者的报告中，可能会使用include=FALSE, echo=FALSE作为全局设置，生成图像时使用include=TRUE，这样可以只输出图像。

3.行内代码(In-line code)

在报告中不要写成“There are 168 individuals.” 可以插入一点代码，比如：

There are `r nrow(my_data)` individuals.

又比如：

The estimated correlation between x and y was `r cor(x,y)`.

在R Markdown中，行内代码以 ``r 和来表示，两者间的代码会运行并显示结果。
注意：要确保行内代码没有跨行。

4.YAML header

YAML 是一种用于指定数据的简洁的文本格式， 与JSON有些类似但可读性更强。

在R Markdown文档开头，编写如下一段代码：

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title: "An example Knitr/R Markdown document"
author: "Karl Broman"
date: "3 Feb 2015"
output: html_document
---

那么，文档的结尾会包含格式化的标题、作者名和日期。

author: "[Karl Broman](http://kbroman.org)"

甚至是R代码：

date: "`r Sys.Date()`"

output: html_document将RMD转化为html，pdf_document 或者word_document分别转为PDF和Word .docx文件。

5.其他关于代码块设置的代码问题

• 必须写在一行内，不含空格和句点，可以使用-和_
• fig.path="abc"而不是fig.path=abc, and out.width='\\textwidth'而不是out.width=\textwidth
• 使用TRUE/FALSE 而不是true/false

[参考文献]：

1. http://kbroman.org/knitr_knutshell/pages/Rmarkdown.html
2. https://yihui.name/knitr/options/#package_options
3. http://rmarkdown.rstudio.com/authoring_rcodechunks.html