2021-01-28

@[toc]( <center>R markdown的笔记)

<center><font face="华文幼圆" size=6>2021-1-26

东拼西凑的简介

• rmarkdown：类似于R中的一个packages(没有s)。

• 为什么用r markdown?

• CC_GONG，Rstudio使用技巧（Rmarkdown），2016 NY R语言大会，哔哩哔哩

安装?

打开Rstudio，按照下面指示修改设置（Tools->Global Options->sweave）

偷来的图片
具体的操作部分见： ^ -馒头- ^ 的 博客园

查错

第一次按 Kint PDF（或 Kint HTML）时可能出现错误：

Knit PDF : pandoc document conversion failed with error 43
可以通过安装 github 上最新的版本解决：

可以通过安装 github 上最新的版本解决：

install.packages(“devtools”)
devtools::install_github(“rstudio/rmarkdown”)

第二个问题当是文档中有中文的情况，可能提示：

! Package inputenc Error: Unicode char \u8:年 not set up for use with LaTeX.
Try running pandoc with --latex-engine=xelatex.

如果有中文，LaTex 引擎需要选择为 xelatex，可以通过这张图的方式进行更改：

小齿轮->output format：PDF
小齿轮->advanced->LaTeX engine：改为xelatex

或者在开头输入：

output:
  pdf_document:
    latex_engine: xelatex

如果中文全部空白，更改LaTex 的配置，用中文字体来渲染(渲染什么意思?)：

outputs:
  pdf_document:
    includes:
      in_header: header.tex
    latex_engine: xelatex
 
header.tex可以是以下内容
\usepackage{xeCJK}
\setCJKmainfont{楷体}  % 字体可以更换
\setmainfont{Georgia} % 設定英文字型
\setromanfont{Georgia} % 字型
\setmonofont{Courier New}

<font face="宋体">以上参考了：
Rstudio MarkDown使用教程，Yoooung_Lee
RStudio 中的 R Markdown, Yusheng

代码块的设置

1.代码块设置

```{r setup, include=T,  echo=FALSE, results="hide", fig.show="hide"，include=FALSE}

2. 全局代码块设置

避免每次使用代码块都重复敲代码来设置代码块，可按如下设置初始代码块：

```{r global_options, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(fig.width=12, 
                    fig.height=8, fig.path='Figs/',
                    echo=FALSE, 
                    warning=FALSE, 
                    message=FALSE)

代码说明：

• <kbd>echo=FALSE</kbd>：最终的文档中不会显示代码，只会显示代码运行的结果和图像。
• <kbd>results="hide"</kbd> ：隐藏结果，显示图像。
• <kbd>include=FALSE</kbd>：隐藏代码和运行的输出（写报告时可用来隐藏所有的代码，从而突出图像。）
• <kbd>fig.show="hide"</kbd> ：隐藏图像。对于图像，可以通过<kbd>fig.width</kbd>和<kbd>fig.height</kbd>来设置宽和高。
• 使用<kbd>include=FALSE</kbd>隐藏所有的代码、结果和图像.
• 同时使用<kbd>include=TRUE</kbd>和<kbd>results="hide"</kbd>则会隐藏结果显示图像
• <kbd>eval=FALSE</kbd>仅结果不运行，只显示代码，可以使得代码仅显示而不实际运行。
• <kbd> prompt=TRUE</kbd>:以作为提示符>开始
• <kbd>#tidy=TRUE </kbd>：自动编排代码
• warning=FALSE 和message=FALSE最终文档中不会显示R软件任何的提示信息， fig.path='Figs/'把：图片保存在Figs子文件夹中（默认情况下图片不会被保存，注意Figs后面的斜线“/”不可少，否则图片会以Figs为文件名开头被保存在主目录中）。

代码	(默认设定)含义
eval	TRUE：估计代码的值及显示其结果
echo	TRUE：显示结果时显示代码
warning	TRUE：显示警告
error	FALSE:不显示错误
message	TRUE：显示消息
tidy	FALSE：调整代码的显示格式，使其更整洁
results	"markup"：标记显示； "asis"：文本显示 ；"hold"：末尾显示 ； "hide"：隐藏
cache	FALSE 为了⽅便以后的提交，是否缓存结果
comment	"##" 注释符号，用于结果之前
fig.width	由代码块⽣成的图表的宽度，英寸
fig.height	由代码块⽣成的图表的高度，英寸

如果在某个特定代码块中需要不一样的设置，则可以单独设置该代码块。

3. 行内代码(In-line code)
   在报告中不要写成“There are 168 individuals.” 可以插入一点代码，比如：

There are `r nrow(my_data)` individuals.

r nrow(my_data) 是行内代码，中间有两个点号 `` 两者间的代码会运行并生成结果。

以上参考自：
R Markdown 使用方法笔记, Huidanz , CSDN
Cheng Jun，Rmarkdown用法与R语言动态报告，知乎

简单语法

# 一级标题（#+空格+文字）    
## 二级标题（##+空格+文字）    
 
正文正文正文正文正文

-无序列表  
运动：  
- b  
- a 
-有序列表  
1. a  
2. b  
3. c  

-插入链接：   
直接输入<http://journal.psych.ac.cn/>   
[name](http://rpubs.com/loness/167347)   

插入R代码
```{r}
x<-1::10
y<-x+1
cor( mtcars )

其他

1. 注意新行是在每行的末尾加两个以上的空格
2. 可以在markdown中插入HTML，但不是R代码中。例如:<a href="http://rpubs.com/loness/167347">点击进入</a>
3. 在rmarkdown中实现中文看这里

参考文献

<font face="宋体" size=4px>参考了以下文章：

1. <font face="宋体" size=2px>Rstudio MarkDown使用教程, Yoooung_Lee
2. <font face="宋体" size=2px>至今未弄明白的bookdown.org
3. <font face="宋体" size=2px>快速生成R语言报告（markdown+Rstudio）, ^ -馒头- ^ , 博客园
4. <font face="宋体" size=2px>用 R Markdown 愉快地写作是怎样一种体验, yihui
5. <font face="宋体" size=2px> R Markdown 使用方法笔记, Huidanz , CSDN
6. <font face="宋体" size=2px>rmarkdown入门, learnergu, CSDN
7. <font face="宋体" size=2px>至今打不开的Rstudio的rmarkdown网站