R语言学习-GEO数据挖掘

根据教程准备试着处理一下GSE的其他数据，发现对于多组数据很难简单的复现，待后续探索完善再补更；先复习LINUX；

（1）下载数据及读取

rm(list = ls())

options(stringsAsFactors = F)

library(GEOquery)

eSet <- getGEO("GSE94648",

              destdir = '.',

              getGPL = F)

exp <- exprs(eSet[[1]])

exp[1:4,1:4]

pd <- pData(eSet[[1]])

gpl <- eSet[[1]]@annotation

save(pd,exp,gpl,file = "step1output.Rdata")

（2）多组数据GEO的R包处理