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R语言学习-GEO数据挖掘

R语言学习-GEO数据挖掘

作者: 米粥的味道 | 来源:发表于2019-11-24 22:28 被阅读0次

根据教程准备试着处理一下GSE的其他数据,发现对于多组数据很难简单的复现,待后续探索完善再补更;先复习LINUX;

(1)下载数据及读取

rm(list = ls())

options(stringsAsFactors = F)

library(GEOquery)

eSet <- getGEO("GSE94648",

              destdir = '.',

              getGPL = F)

exp <- exprs(eSet[[1]])

exp[1:4,1:4]

pd <- pData(eSet[[1]])

gpl <- eSet[[1]]@annotation

save(pd,exp,gpl,file = "step1output.Rdata")

(2)多组数据GEO的R包处理

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