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各位老铁好~这次对IGV的用法进行进一步的学习和实战,这次的学习主要focus在一些使用技巧上面,一起学起来。
在使用一个软件的时候,翻看说明书还是王道:http://software.broadinstitute.org/software/igv/UserGuide
绘图的文件
- IGV Tools支持的文件类型与绘图方式;
主要有bam ,cram,seg,bed.gtf.bigwig,bedgraph等文件。
通过IGV Tools我们可以载入FASTA文件作为参考序列;可以载入BAM文件读取比对信息;可以载入BED(一般是各种peak的注释信号)还可以载入GFF/GTF的基因注释文件;当然还有一些特殊格式比如mutation的数据等等。
- 提供RNA-Seq的mapping测试数据;
链接:https://pan.baidu.com/s/1nORmpD9DU6yK4zzmWan_lw 密码:orbz
IGV Tools设置Reads的排序方式;
点击rna_test.bam,右键 sort_alignments by ,点击 start location .其他的还有很多排序方式
sort_alignments by ----> start location
操作界面
- IGV Tools画Sashimi plot;
Sashimi plot
导入结果
- 使用IGV Tools浏览公共数据;
1:点击file
2:load form ENCODE
3:选择想要的数据,如以不同的细胞系的H3K4me3数据为例,然后导入(选的是peak文件哟~)
我们可以从ENCODE上面导入不同的4中细胞的H3K4me3的文件,然后根据peaks的文件的位置,判断转录情况和组蛋白修饰。
补充一下,在细胞中,H3K4me3组蛋白修饰被发现呈现很高的丰度,并且在转录起始位点附近H3K4me3富集在激活的启动子上。是不是可以对照转录组的结果和ChIP的数据结果进行一起分析了呢?
此外,IGV还可以干很多事情,比如说motif的搜索,热图的可视化等等。欢迎和大家一起讨论学习呀~
Ref:
1:http://software.broadinstitute.org/software/igv/home
2:https://zhuanlan.zhihu.com/p/36856459
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