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BBQ(生物信息基础问题30): IGV的使用小技巧

BBQ(生物信息基础问题30): IGV的使用小技巧

作者: liu_ll | 来源:发表于2019-03-23 01:23 被阅读120次

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    各位老铁好~这次对IGV的用法进行进一步的学习和实战,这次的学习主要focus在一些使用技巧上面,一起学起来。


    在使用一个软件的时候,翻看说明书还是王道:http://software.broadinstitute.org/software/igv/UserGuide

    userguide 目录
    1. IGV Tools支持的文件类型与绘图方式;
    绘图的文件

    主要有bam ,cram,seg,bed.gtf.bigwig,bedgraph等文件。
    通过IGV Tools我们可以载入FASTA文件作为参考序列;可以载入BAM文件读取比对信息;可以载入BED(一般是各种peak的注释信号)还可以载入GFF/GTF的基因注释文件;当然还有一些特殊格式比如mutation的数据等等。

    1. 提供RNA-Seq的mapping测试数据;
      链接:https://pan.baidu.com/s/1nORmpD9DU6yK4zzmWan_lw 密码:orbz

    IGV Tools设置Reads的排序方式;
    点击rna_test.bam,右键 sort_alignments by ,点击 start location .其他的还有很多排序方式


    sort_alignments by ----> start location
    1. IGV Tools画Sashimi plot;
    操作界面
    Sashimi plot
    1. 使用IGV Tools浏览公共数据;
      1:点击file
      2:load form ENCODE
      3:选择想要的数据,如以不同的细胞系的H3K4me3数据为例,然后导入(选的是peak文件哟~)
    导入结果

    我们可以从ENCODE上面导入不同的4中细胞的H3K4me3的文件,然后根据peaks的文件的位置,判断转录情况和组蛋白修饰。
    补充一下,在细胞中,H3K4me3组蛋白修饰被发现呈现很高的丰度,并且在转录起始位点附近H3K4me3富集在激活的启动子上。是不是可以对照转录组的结果和ChIP的数据结果进行一起分析了呢?

    此外,IGV还可以干很多事情,比如说motif的搜索,热图的可视化等等。欢迎和大家一起讨论学习呀~

    Ref:
    1:http://software.broadinstitute.org/software/igv/home
    2:https://zhuanlan.zhihu.com/p/36856459

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