R可视化——基于beeswarm包绘制蜜蜂图（beeswarm

蜜蜂图（beeswarm plot）是一种与“抖动图”相似的散点图，这种图可以直观地展现每一个样本的具体情况及整体的情况。

安装、加载R包

#安装包
install.packages("beeswarm")
#加载包
library(beeswarm)

数据

set.seed(12)
df<-data.frame(
  x=rnorm(1000),
  group1=sample(c("G1", "G2", "G3"),
               size = 100, replace = TRUE),
  group2=as.numeric(factor(sample(c("Yes", "No"),
                                 size = 100, replace = TRUE))))
head(df)#预览数据

image.png

绘图

1、基础绘图

beeswarm(df$x~df$group1)

image.png

2、个性化绘制

beeswarm(df$x~df$group1,#指定数据
         pch=19,#指定点的形状
         col=c("#3FA0FF", "#FFE099", "#F76D5E"),#指定颜色
         method = "swarm",#指定数据点排列方式，可选择"swarm"、"center"、"hex"、"square"
         corral = "gutter",#调整数据点以防止组数据重叠，可选择有"none"、"gutter"、"wrap"、"random"、"omit"
         side=0,#位置蜂群显示方向，有-1，0，1可选择
         priority = "descending"#布局顺序，可选择"descending"、"random"、"density"、"none"
         )

image.png

3、加入子群体

beeswarm(df$x~df$group1,#指定数据
         pch=19,#点的形状
         pwcol=df$group2,#指定子群体
         method = "swarm",#指定数据点排列方式，可选择"swarm"、"center"、"hex"、"square"
         corral = "gutter",#调整数据点以防止组数据重叠，可选择有"none"、"gutter"、"wrap"、"random"、"omit"
         side=0,#位置蜂群显示方向，有-1，0，1可选择
         priority = "descending"#布局顺序，可选择"descending"、"random"、"density"、"none"
         )
#图例
legend("topright", legend = c("Yes", "No"),
       col = 1:2, pch = 19)

image.png

参考：https://r-charts.com/distribution/beeswarm/