VFDB毒力因子数据库

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注释信息：
http://www.mgc.ac.cn/VFs/Down/VFs.xls.gz

属内物种比较毒力组：
http://www.mgc.ac.cn/VFs/Down/Comparative_tables_from_VFDB.tar.gz
核心序列集：
http://www.mgc.ac.cn/VFs/Down/VFDB_setA_nt.fas.gz
http://www.mgc.ac.cn/VFs/Down/VFDB_setA_pro.fas.gz
全序列集：
http://www.mgc.ac.cn/VFs/Down/VFDB_setB_nt.fas.gz
http://www.mgc.ac.cn/VFs/Down/VFDB_setB_pro.fas.gz

使用

下载蛋白全序列集，解压，重命名，diamond建库，比对

# diamond建库
diamond makedb -p 2 \
--in VFDB_setB_pro.fasta \
--db VFDB_setB_pro.dmnd

# diamond比对
diamond blastp \
    --db VFDB_setB_pro.dmnd \
    --query genome.faa \
    -e 1e-3 --outfmt 6 --more-sensitive --max-target-seqs 1 \
    --threads 8 --quiet \
    --out genome_vfdb.txt
# --id                   minimum identity% to report an alignment
# --query-cover          minimum query cover% to report an alignment

比对结果

AF01-22_00031   VFG000442(gb|NP_490501) 34.0    156     87      3       90      245
AF01-22_00049   VFG029608(gb|WP_042510611)      27.4    343     225     10      23
AF01-22_00058   VFG017683(gb|YP_005921788)      37.4    235     143     4       356
AF01-22_00060   VFG021557(gb|WP_001090556)      39.3    191     107     5       1

比对结果每列信息

1. qseqid |  query  sequence id 
2. sseqid |  subject sequence id 
3. pident |  percentage of identical matches 
4. length |  alignment length 
5. mismatch |  number of mismatches 
6. gapopen |  number of gap openings 
7. q start |  start of alignment in query 
8. q end |  end of alignment in query 
9. s start |  start of alignment in subject 
10. s end |  end of alignment in subject 
11. evalue
12. bitscore