使用grep -o和python(.count)统计文件中某个字

作者: 云养江停 | 来源:发表于2021-09-03 11:25 被阅读0次

使用grep -o和python(.count)统计文件中某个字
python中string.count()和string.fin
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grep -o
grep命令有一个参数-o，可以逐行输出匹配的内容，有多少个匹配就有多少行。所以这道题可以这么做

cat test.fa | grep -o "A" | wc -l

除了linux 命令行外，还可以使用python

f = open("path","r") ##open file
s = f.read()  ##read 
##.count() 方法可用于计数
print("%d %d %d %d" % (s.count("A"),s.count("T"),s.count("C"),s.count("G")))  ##normalized output

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