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植物基因组数据库

植物基因组数据库

作者: 灵动的小猪 | 来源:发表于2018-08-24 21:39 被阅读58次

    | Database | URL | Species |
    | RARTF | http://rarge.gsc.riken.jp/rartf/ | 拟南芥 |
    | AGRIS, AtTFDB | http://arabidopsis.med.ohio-state.edu/AtTFDB/ | 拟南芥 |
    | DATF | http://datf.cbi.pku.edu.cn/ | 拟南芥 |
    | DRTF | http://drtf.cbi.pku.edu.cn/ | 水稻 |
    | DPTF | http://dptf.cbi.pku.edu.cn/ | 白杨 |
    | TOBFAC | http://compsysbio.achs.virginia.edu/tobfac/ | 烟草 |
    | SoybeanTFDB | http://soybeantfdb.psc.riken.jp/ | 大豆 |
    | PlantTFDB | http://planttfdb.cbi.pku.edu.cn/ | 22种植物 |
    | PlnTFDB | http://plntfdb.bio.uni-potsdam.de/v3.0/ | 20种植物 |
    | GRASSIUS, GrassTFDB | http://grassius.org/grasstfdb.html | 玉米、水稻、高粱、甘蔗 |
    | LegumeTFDB | http://legumetfdb.psc.riken.jp/ | 大豆、百脉根、蒺藜苜蓿 |
    | DBD | http://dbd.mrc-lmb.cam.ac.uk/DBD/index.cgi?Home | 多于700物种 |
    文献免费下载网站,比NCBI更牛掰,不需要购买权限,外网也可以畅快的下载!(第二个需要购买权限)
    http://www.geenmedical.com/search
    https://scholar.glgoo.org/

    文献快递,让你第一时间了解本领域的研究进展,只需阅订相关的期刊,输入key words即可查询:
    <u style="word-wrap: break-word; color: rgb(68, 68, 68); font-family: "Microsoft Yahei", Tahoma, Helvetica, SimSun, sans-serif; font-size: 16px; font-style: normal; font-variant-ligatures: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: 400; letter-spacing: normal; orphans: 2; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; background-color: rgb(255, 255, 255);">https://www.inoreader.com/</u>
    亚细胞定位网站(第一个预测很准,使用最新版本预测)
    http://www.csbio.sjtu.edu.cn/bioinf/Cell-PLoc-2/
    http://www.cbs.dtu.dk/services/
    https://wolfpsort.hgc.jp/

    研究MiRNA的数据库:

    miRBase

    <u style="word-wrap: break-word;">http://www.mirbase.org</u>

    TargetScan

    <u style="word-wrap: break-word;">http://www.targetscan.org</u>

    microRNA.org

    <u style="word-wrap: break-word;">http://www.microrna.org/</u>

    starBase v2.0

    <u style="word-wrap: break-word;">http://starbase.sysu.edu.cn/</u>

    PITA

    <u style="word-wrap: break-word;">http://genie.weizmann.ac.il/pubs/mir07/mir07_dyn_data.html</u>

    PicTar

    <u style="word-wrap: break-word;">http://www.pictar.org/</u>

    RNAhybrid

    <u style="word-wrap: break-word;">http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/rnahybrid/</u>

    miRWalk 2.0

    <u style="word-wrap: break-word;">http://zmf.umm.uni-heidelberg.de/apps/zmf/mirwalk2/</u>

    DIANA-microT

    <u style="word-wrap: break-word;">http://diana.cslab.ece.ntua.gr/microT/</u>

    miRNAMap

    <u style="word-wrap: break-word;">http://mirnamap.mbc.nctu.edu.tw/</u>

    Deepbase v2.0

    <u style="word-wrap: break-word;">http://rna.sysu.edu.cn/deepBase/</u>

    几个植物和动物数据库网站:
    http://plants.ensembl.org/index.html
    http://www.ensembl.org/index.html
    http://www.gramene.org/
    https://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html
    AIR 拟南芥 http://www.arabidopsis.org/
    SIGnAL 拟南芥 http://signal.salk.edu/
    RARGE 拟南芥 http://rarge.psc.riken.jp/
    Rice Genome Annotation Project 水稻 http://rice.plantbiology.msu.edu/
    RAP-DB 水稻 http://rapdb.dna.affrc.go.jp/
    SOL genomics network 茄科 http://solgenomics.net/
    Gramene 禾本科 http://www.gramene.org/
    GrainGenes 麦类作物 http://wheat.pw.usda.gov/GG2/index.shtml
    SoyBase 大豆 http://www.soybase.org/
    MazieGDB 玉米 http://www.maizegdb.org/
    CyanoBase 蓝细菌 http://genome.kazusa.or.jp/cyanobase/
    GDR (Genome Database for Rosaceae) 蔷薇科 http://www.bioinfo.wsu.edu/gdr/
    Brassica Genome Gateway 芸苔 http://brassica.bbsrc.ac.uk/
    Cucurbit Genomics Database 葫芦科 http://www.icugi.org/
    Phytozome 植物 (全基因组信息) http://www.phytozome.net/
    PlantGDB 植物(全基因组或/大规模 EST信息) http://www.plantgdb.org/
    EnsemblPlants 植物(全基因组信息) http://plants.ensembl.org/index.html
    ChloroplastDB 植物(叶绿体基因组) http://chloroplast.cbio.psu.edu/
    KEGG PLANT 植物(全基因组或/大规模 EST信息) http://www.genome.jp/kegg/plant/

    试剂耗材采购网站:(提供供应商)
    http://www.chemicalbook.com/ProductIndex.aspx

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