使用linux系统lftp软件,下载EnsemblePlants

作者: BohanL | 来源:发表于2019-08-01 19:39 被阅读3次

    EnsemblePlants植物基因组数据库有直接的FTP服务器
    本教程教你如何使用著名的lftp包下载这一大型数据库
    第一步,安装lftp相关包

    sudo apt-get install lftp    #安装lftp
    

    第二步,运行lftp

    sudo lftp    #运行lftp
    

    第三步,设置本地目录

    lcd /home/bohan/ensembleplantsgenome    #设置本地目录
    

    第四步,登录服务器

    lftp ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub/plants/release-44/fasta/    #通过匿名方式登录服务器
    

    第五步,将服务器目录镜像下载至本地

    mirror -c -e -n --parallel=20 ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub/plants/release-44/fasta/ /home/bohan/ensembleplantsgenome     #同时使用20个线程同步下载相应目录至本地
    

    运行成功后,可以通过jobs命令查看当前运行的下载任务

    jobs -v    #查看目前进行任务
    

    也可以直接按ctrl+c退出转入nohup模式继续

    也可以在退出后当前终端linux控制台
    使用jobs和bg命令将当前进程转入后台

    jobs         #显示当前终端运行的任务
    [1] mirror -c -e -n --parallel=20 ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub/plants/release-44/fasta/ /home/bohan/ensembleplantsgenome
    bg %1        #将jobs命令显示出的1号任务转为后台
    

    mirror 命令参数

    -c, --continue         支持断点续传if possible
    -e, --delete           如果远程目录下已经没有某个文件,而本地有,则删除这个文件。
         --delete-first     在下载新文件之前先删除旧的文件
    -s, --allow-suid       保留远程目录中设定的用户及组权限
         --allow-chown      设置下载文件的所有者和所属组
         --ignore-time      屏蔽时间判定,这样mirror只通过大小来判断文件,同步速度可以加快。
    -n, --only-newer       只下载新的文件,mirror的判定新文件是通过文件大小和修改时间来判定的(这时候-c不能使用)
    -r, --no-recursion     不下载子目录中的文件,即没有递归的功能
    -p, --no-perms         不设置下载后文件的访问权限
         --no-umask         don't apply umask to file modes #这个不知道怎么翻译
    -R, --reverse          上传到FTP
    -L, --dereference      download symbolic links as files #这个不知道怎么翻译
    -N, --newer-than=SPEC  只下载某个特定时间以后更新过的文件
    -P, --parallel[=N]     同时下载N个文件
    -i RX, --include RX    下载时包含的文件名称,RX表示正则表达式
    -x RX, --exclude RX    下载时不包含的文件名称,RX表示正则表达式
    -v, --verbose[=N]      关于操作的详细输出。
         --log=FILE         将已经执行过的lftp命令写入文件
         --script=FILE      将lftp命令写入文件,但不执行
    

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