基因家族鉴定-顺势作用元件可视化

分析的过程可能下次会写。

我们用到一个r包

library(tidyverse)

library(RColorBrewer)

setwd("C:/")

df<- read_tsv('data.txt', col_names = F) %>% select(1,2)

#df <- df %>% arrange(X3)

#uniq_level <- df %>% distinct(X2,X3)

#df$X2 <- factor(df$X2, levels = uniq_level$X2)

tidy <- df %>%

      group_by(X1, X2) %>%

      summarise(number = n()) %>%

       arrange(desc(number))

       summary(tidy$number)

ggplot(tidy, aes(x = X2, y = X1, fill = number)) +

    geom_tile(color = 'black') +

    geom_text(aes(label = number),col='black',cex = 1.5) +

    scale_fill_gradientn(colors = rev(hcl.colors(10, "RdYlGn"))) +

    scale_x_discrete(position = "top")+

    theme_bw() +

    theme(axis.text.x = element_text(angle = 90, hjust = 0),

               axis.title = element_blank(),

               axis.text = element_text(size = 7, color = 'black'))

注意注意，10的地方改成max就行。

需要准备的文件格式，基因名 tab 元件名 tab 描述。