CRAN包

1. install.packages()

这种安装方式最常用

install.package("ggplot2")

2.本地安装

下载后，找到包的路径，例如安装gggrid，heatmap.plus。

install.packages("./gggrid-0.1-0.tar.gz",repos = NULL,type = "source")
install.packages("heatmap.plus_1.3.tar.gz",repos = NULL,type = "source" )

本地安装MOVICS包，从github上下载，解压为MOVICS-master文件。
要不然每次都联网好麻烦的

install.packages("MOVICS-master",repos = NULL,type="source")

BioConductor包

常规操作

BiocManager::install("phyloseq", version = "3.8"，ask=F,update=F) # version指定安装的版本，默认安装最新版本

devtools安装

# 本地安装
devtools::install_local("./vegan-master.zip")
#镜像选择all-- 1

# 在线安装
devtools::install_github("vegan")

参考链接：
R语言：三种R包安装方法

3.安装特定版本的R包

比如“MOVICS”包指定安装ggmisc版本为"0.3,6",否则报错：

library(devtools)
install_version("ggpmisc",version = "0.3.6")