安装conda
推荐使用偷懒方法，比如安装miniconda软件，下载地址：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/ 这样就可以使用它安装绝大部分其它软件。
但是在中国大陆使用，需要更改镜像源配置
## conda下载和安装
# Conda 官网 https://conda.io/docs/index.html
## 常规下载
mkdir conda # 放置下载文件
cd conda
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
## 安装
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -b -p $HOME/miniconda3
# -b:自动安装模式（可不用）
# -p:安装位置（不用这一个选项默认安装在所属用户的主目录）
# 运行bash命令，一路回车或者yes，会自动在用户所属环境（家目录）创建一个 miniconda3 的文件夹
# 关于是否添加环境变量，这个看个人选择，不熟悉的同学可以选择 yes 添加。不过我建议大家可以先不要添加，以免conda 的环境跟现有的环境冲突，之后要使用时再临时添加也不晚。
## 检测是否安装成功
conda
## 添加环境
export "PATH=/home/qiheyeban/miniconda3/bin:$PATH" #临时添加
echo "export PATH=/home/qiheyeban/miniconda3/bin:$PATH" >> ~/.bashrc #添加到配置文件
source ~/.bashrc
#/home/qiheyeban/miniconda3改成自己的真实改
## conda 通道配置（使用清华源或中科大源）
# 无论是 conda 默认的软件源还是 bioconda 软件源都是国外的，速度非常慢，所以需要增加国内软件源，同时bioconda 已经有清华、中科大两个国内镜像，可添加进去
# 清华源
conda config --remove-key channels
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes ## 设置搜索时显示通道地址
# 中科大源
conda config --remove-key channels
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes ## 设置搜索时显示通道地址
## 查看目前conda软件源情况
conda info
为了避免污染 linux 工作环境，推荐在 conda 中创建各个流程的安装环境，比如：
## conda 安装软件
# 创建名为 rna 的软件安装环境
conda create -n rna python=2
# 加载 rna 的环境
source activate rna
# 查看当前 conda 环境
conda info --envs
#常用包
# 质控
fastqc , multiqc, trimmomatic, cutadapt ,trim-galore
# 比对
star, hisat2, bowtie2, tophat, bwa, subread
# 计数
htseq, bedtools, deeptools, salmon
## conda 安装软件
# 注意：安装软件时一定要进入或激活要安装的环境
# 质控
conda install -y fastqc multiqc trimmomatic cutadapt trim-galore
# 比对
conda install -y star hisat2 bowtie2 tophat subread
# 定量
conda install -y htseq bedtools deeptools
# 也可以指定源进行安装
conda install -c bioconda cufflinks
如果你对一个软件不了解的话，那么安装之前在https://bioconda.github.io/recipes.html，检索该软件包是否存在，或者使用conda search packagename进行检索。
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