事实上，在已含麸质或不含麸质饮食喂食老鼠的实验研究中显示，使用含麸质饮食的老鼠，体内的肠道细菌数量要高出许多。
肠道上皮细胞被组织成山丘和山谷的形状(用以帮助肠道表面积的最大化)，形成被称为绒毛的指状圆柱，绒毛之间被称为隐窩的凹陷所分隔。肠道上皮细胞会不断自我再生(一群常驻干细胞能够补充新生的肠道上皮细胞)，当细胞逐渐成熟，这些细胞会越往绒毛尖端的方向移动，最终会剥落进入肠道，被再次消化，这被称为肠道上皮的转换。
在正常，健康的肠道中，肠道上皮细胞的寿命一般是一到六天(最典型的是两到三天)，这代表所有绒毛细胞全数汰换一次所需要的时间(随着年龄渐长，这个时间会随之变慢)，往隐窩底部转移的细胞则有两到三周的寿命(这些被称为班尼斯氏细胞)。这表示对一个健康的人来说，小肠内壁每两到三周就会全面换新一次。
修补小肠(因摄取毒素、感染或其他原因而受损)是非常错综复杂的过程，受到身体严密的调节和控制。愈合时间随受损程度而异，探讨肠道常驻干细胞的研究显示，在没有其他减缓愈合之因子存在的情况下，小肠肠壁隐窩和绒毛结构受损后的修复需要2到12周不等(取决于干细胞本身是否受损)
这代表什么意义？对健康人来说，由麸质和其他醇溶蛋白造成之个别细胞及细胞间紧密连接的受损复原的相当快——由数天到三周不等，对这些人来说，这段时间可能是无症状产生的。许多采行无麸质或生酮方案的则在意外摄取了麸质后，表示有产生症状，持续时间由仅仅几个小时到数天。
对于那些带有破坏身体修复努力之混扰因子的人来说，愈合需时更久，这些混扰因子为数众多，包括麸质不耐或敏感、肠道中无法控制的发炎反应，营养匮乏，肠道生态失衡，感染、压力，全身性发炎反应以及慢性胰岛素上升……全都会妨碍愈合的过程。这些因子几乎全数都会在自体免疫疾病中作怪。
那么那些因子会拖慢多少愈合速度呢，最极端的状况就是乳糜泻，乳糜泻的特征之一就是绒毛会缩短或变钝(由小肠病理切片中可以看得出来)，健康人的绒毛长度通常是乳糜泻患者的三到五倍，一项研究显示，66%的乳糜泻患者在严格执行无麸质饮食五年后，体内的绒毛结构是正常的，这代表就算经过五年的时间，仍然有34%的乳糜泻，患者无法康复，不幸的是。这对于多数病患来说就代表了一条漫长缓慢的康复之路。
即便如此，这些研究是针对无麸质而非生酮的。因此，许多不适应宜或甚至有害的食物可能仍会被食用。而且就算康复的速度缓慢，在复原过程的早期通常就能看见症状的改善，这些改善也会在整个康复过程中持续出现。虽然无法预估在采行生酮生活攻略的状况下，要花多长时间达到你身体的复原，一些零星报告显示，复原速度是会加快的。
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