首先准备好前面分析的差异基因，进入STRING数据库分析页面：https://cn.string-db.org/
1.png
第一步点击Multiple proteins，第二步输入基因，第三步选人类，最后点击SEARCH。
2.png
点击CONTINUE进入结果页面，这里可以根据自己的需要来设置一些参数，如minimum required interaction score，默认的是中等，有些文章做PPI时会把这个参数调高，点击UPDATE。
3.png
下载结果
4.png
下载之后会得到一个string_interactions_short.tsv文件，这个文件可以导入cytoscape。
cytoscape软件是用来画网络图的，这个软件的下载和安装可以参考https://blog.csdn.net/weifanbio/article/details/124148766
1. 导入在STRING下载好的数据
5.png
2. 使用cytoHubba插件找HUB基因
如果没有cytoHubba插件，可以在cytoscape软件里面下载
6.png
- 点击Calculate
- 这里选Top10基因，也就是取排前10的基因为hub基因
- MCC算法，这里一共有11种算法
-
点击提交
7.png
上面的Layout选项里可以对这个图进行布局，从而画出文章中的圈图等，右边可以点击保存10个HUB基因的排名，也可以导出里面的网络图。
8.png
9.png
10.png
导出SVG格式的矢量图可以去AI再进行修改。
到这一步已经从表达矩阵到差异分析再到PPI，拿到了10个关键基因。
GEO数据挖掘
GEO数据挖掘（三）使用DAVID数据库进行GO、KEGG富集分析
GEO数据挖掘（四）使用STRING数据库进行PPI分析
网友评论