小瑶的父亲在前不久，因为意外死亡，随后小瑶跟着自己的母亲来到一个小岛生活，但因为母亲的离去，再加上一个陌生的环境，小瑶的性格很孤僻，所以也没有朋友，直到他遇到了同龄的齐飞。
齐飞也是一个不被眷顾的人，也有着一段悲痛记忆，因为两个人有着相同的悲惨经历，在刚刚认识之后，齐飞很愿意跟小瑶一起玩耍，所以他们成为了最要好的朋友。
而他们在一次野外探险时，小瑶发现了一个废弃的小木屋，理所当然，他们将这里作为了秘密花园，两人时常在这里玩耍，并在这里一起发明了一种只有他们俩才看得懂的文字。
两个幼小的心灵相互摩擦，难免会产生火花，间接加深了两人之间纯洁的友谊。
一天小瑶在秘密花园中错不及防的亲了一下齐飞的脸颊，脸红的的她不敢再抬头看他，而齐飞看着害羞的小瑶向她承诺要保护她一辈子。
这一天小瑶和齐飞还有其他小伙伴儿一起来到一个山上玩耍，想要探索新奇事物，不过在路上意外的发现一个树洞，好奇心促使他们爬了进去。
没想到里面竟然别有洞天，在洞中央有一颗发绿光的石头，于是他们好奇的带走了这个奇怪的石头，并想好好的研究时，小瑶发现自己的发卡掉在了树洞里，于是乎一个人又爬了进去寻找发卡。
当她找到发卡再次爬出山洞时，其他人都已经消失不见了，只剩下地上被摔碎的石头，突然失踪了三个孩子，这在本来就不大的小岛上引起了轰动，警方调动大量人员前来调查。没过多久便在海滩上发现了其中一个孩子的尸体。
警察只能询问当事人小瑶，询问当天发生的细节，而小瑶只是不断重复当天发光的石头，对于齐飞他们的去踪，她也并不知道，不过没有人相信小瑶说的话，随后小瑶忧心忡忡的回到家。
在几天后的一次意外，小瑶偶遇到一个邋遢的男青年，青年慢慢靠近了小瑶，告诉她，他就是齐飞，被吓坏的小瑶一路狂奔，尖叫着跑下了山，然后报了警。而警察在山上并没有找到小瑶说的男青年，却意外找到一个写着奇怪符号的日记本，警察误以为是小瑶不小心丢失的。
在检查了一番发现并无线索后就还给了小瑶，回到家的小瑶疯狂翻看着日记本，这里面记载的符号，只有齐飞和小瑶知道，原来这就是齐飞的日记本，这里面记录当天小瑶不知道事情。
那天小瑶进洞之后，齐飞和两个小伙伴砸开了石头，随后便发生了不可思议的事情，除了他们三个人之外，世界上其他人都静止了，洞里的小瑶静止，天上的鸟卡在天上不动，大街上的人也一动不动，令他们十分兴奋，电影中的静止系列终于发生在自己身上。
现在三个人可以为所欲为，不用上课，没有人唠叨，可以尽情的玩耍，尽情的睡觉，连吃饭穿衣服都不用花钱，一时间玩儿的不亦乐乎，可是时间久了，他们也渐渐都感觉到了无聊，希望通过坐船离开小岛，看一下外面的世界是不是也被静止。
可是这座小岛上连水都是被静止的，没过多久，小伙伴中的小胖因为哮喘病，没有得到及时的治疗，意外的离开了他们，齐飞和二狗一起挖了坑，将小胖埋在沙滩里。
虽然时间静止，但他们依旧在长大，时间转眼来到二十岁。
此时他们依旧无法逃离时间静止，二狗受不了这样的人生，选择了跳海自杀，发现二狗跳海的齐飞站在了悬崖边，犹豫之后，齐飞也选择结束这种孤独的人生，当他跳下海之后，时间静止被解除。
齐飞被海水冲刷到了岸边，再然后齐飞试图找到小瑶，而小瑶显然被现在的他吓到了，他只好将自己在静止时间中写的日记放在山上，得知真相的小瑶来到他们之前约定的小木屋，果然在这里发现已经20岁的齐飞，因为齐飞没有任何身份，出去之后怕被抓起来，只能暂时躲在小木屋。
小瑶知道这一切之后，想让别人相信这种不可思议的事情，然而事实告诉她，这种不靠谱的话很难让人相信，就在一筹莫展时，齐飞和小瑶决定私奔离开这里，正要坐船离开时，电视上正在报道通缉新闻。
齐飞被当做杀人嫌疑犯被通缉，此时还绑架了小瑶，眼看不妙的齐飞带着小瑶一路逃跑，还是被堵在了下水道，在情急之下小瑶作为掩护防护齐飞，最终齐飞安全逃跑，被带回警局的小瑶向警察解释这一切。
不过依然没有人相信，但是小瑶依然不放弃证明齐飞的清白，晚上趁机溜了出去，再次找到那个山洞，并又带出了一个发光的石头，打算再次打碎石头向他们证明时间静止，这种鲁莽行为被齐飞给制止，此时警察也包围到山上。
将他们堵在一个悬崖边，警察在抓捕齐飞时，小瑶和一名警察不小心卡在悬崖边，就在小瑶要跌落悬崖时，齐飞为了救小瑶再次砸开了石头。
小瑶再次醒来时，警察和小瑶都已经获救，警察也相信了时间静止，但小瑶望着天空，似乎渴望着什么。
最终小瑶的妈妈决定带她离开这个小岛，在行驶的轮船上，小瑶看见了站在甲板上已经白发苍苍的齐飞，忍不住跑过去扑进了齐飞的怀里。
是的，齐飞一个人孤独的在静止的时间中度过了很久，他因为心中想着小瑶，最后熬了出来。
最后，齐飞对怀里小瑶说:“我说过，要保护你一辈子的”
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