今天做了一项浩大工程
残缺的Cs.45S rDNA结构分析图图
找到了甜橙基因组上一段20kb的重复序列，想要借此在基因组上画出来45S rDNA的结构，虽然还未完工，但也即将完成了，这个过程比较艰辛，因为重复序列不是完全匹配的，会有许多位点变异，我先是在该20kb内随机框选几个30bp的序列，找到相同的就加以相同的标记，五六次下来重复序列的结构就十分明了了。然后我用二分法逐步将变异位点筛出来并做了标记，再将该序列与NCBI上预测到的5.8S rDNA和28S rDNA比对找到该段重复序列上的相应rDNA位点，他们中间就是ITS1了呗。25S rDNA的序列还没有找到，NCBI上许多序列注释都不完整，也让我很困惑。不过这次让我意识到，45S rDNA在染色体上排列是不规律的，有正向的也有反向的，而且靠近rDNA基因边缘的变异有很多，想要研究清楚的确不容易。目前有几个研究思路，需要捋一捋：
1 转座子很有可能在此发挥作用，可以寻找一哈他的元件
2 45S rDNA重复序列与DSBs相关，DSBs的生成又与一些基因譬如前几天找的SPO11-1等相关，看看重复序列上是否存在着这些基因产物识别DNA位置的热点
3 我记得有一篇文章中提到45S rDNA的转录与否和45S所在的染色体有关，就是说45S rDNA不转录是染色体的问题，他跟错老大了。我要记着把那篇文章刨出来。
4 头对头的两个重复序列IGS区只有几百bp怎么起始转录45S rDNA? 应该是沉默掉了吧
5 被沉默掉的45S rDNA变异率可能增加，对分析产生干扰，但或许可以以此为依据区分可转录的和被沉默的45S rDNA。
6 各种rRNA在组成核糖体时需要结构特异，具有所需的结构位点就好，这样就可能有一些位点的碱基不太重要，变异速度也会比较大。可以找一下18S rDNA和25S rDNA对结合成复合体很重要的碱基位点。
7 在甜橙测序数据中线下用保守的短序列(选来自5.8S rDNA的序列，可以比对多个5.8S 找到相对最保守短序列)blast得到多个45S rDNA 用以分析序列成分，做比较。
8 继续苗师姐扩45S 启动子的实验，看启动子甲基化程度
9 在citrusgenomedb网站上可以找到甜橙完整的测序数据和第三代测序数据
网友评论